一般情况下，儿童软疣一般不会自己好，需要积极配合治疗。
儿童如果出现软疣多数是因为感染病毒而引起的，需要进行刮疣治疗，或者是使用激光以及冷冻等办法进行治疗。日常生活中家长要注意给儿童适量吃营养丰富的食物，如苹果、菠菜、瘦肉等，能够增加体内的营养，有利于身体的恢复。家长平时要多关心宝宝的身心健康，如果出现不适症状需要及时前往医院就诊，以免延误病情。
软疣是指传染性软疣，儿童传染性软疣可能是与其他传染性软疣患者密切接触而引起的。
传染性软疣是具有传染性的，可传染给他人、也可自身扩散，而传染性软疣患者是重要的传染源，因此儿童的传染性软疣可能是其他传染性软疣患者感染而来的。建议儿童在医生指导下使用抗病毒的药物治疗，同时加强自身卫生护理。
多数患儿软疣如无继发感染或湿疹反应，可自行减退，不留疤的。小儿软疣如不能自己消退，或疣体较大，影响外观者可手术。
这种病是一种自限性疾病，随诊观察亦可，但是由于疾病的恢复时间不可预知，怕传染眼睑、临床常选用积极治疗。在治疗中首选嵌夹治疗，首先，皮损内软疣小体被充分挤压出来，然后外搽碘酊，进行清洁消毒。还可以通过冷冻治疗或其他手段进行处理。
传染性软疣具有自限性特点，即儿童软疣有一定可能性会自愈，大多数患者1年内可自行消退而不遗留任何痕迹。
但是对于散在少数皮疹，可采用液氮冷冻治疗，或用镊子，血管钳夹去，以及采用针挑除等法，除去中部软疣小体，进而达到临床治愈的目的。需要注意的是，该病不能根除，需要做好个人卫生。
儿童传染性疣属于一种可以治愈的性疾病，但如果没有得到及时的治疗就会发展成巨大的软疣并导致疾病的蔓延。
传染性软疣一般是由病毒感染引起的，诊断明确后，可施以某些外用药物，如咪喹莫特乳膏，维A酸软膏等、西多福韦膏，能抑制或杀死病毒，改善不适症状、促进愈合。