患者三个月不来月经，有以下的原因：
1、由于此时卵巢、下丘脑、垂体、性腺轴还没有完全建立，卵巢的功能不是十分健全，青春期的女孩子月经也就不是十分规律了。
2、青春期的女孩月经不规律与家族遗传、本人的营养状况、激素水平、所处的环境都有关系。
3、体型过于娇小瘦弱、体重偏轻、体脂不够、不爱运动、挑食、爱吃冷饮，也容易引起月经不规律。
一般情况下，初中生两个月没来月经可能是月经周期未建立、子宫内膜过厚等原因引起的，具体内容如下：
1.月经周期未建立：如果初中生刚刚月经来潮，可能还没有形成比较完整、规律的月经周期，此时，可能会出现两个月没来月经的情况。初中生可以遵医嘱使用益母草颗粒等药物来调理身体，以改善症状。
2.子宫内膜过厚：如果初中生的子宫内膜过厚，也可能会对月经来潮产生影响。此时，初中生可以在医生指导下使用地屈孕酮片等药物来促进子宫内膜脱落，从而使月经来潮。
月经不来，首先考虑怀孕，如果有性生活，平时月经也比较规律，去医院查血HCG来确定。排除怀孕因素，考虑是月经不调引起的，引起月经不调的原因有很多，比如饮食因素、环境因素、精神因素、内分泌失调、卵巢功能异常、子宫内膜疾病，甚至某些全身性的慢性病，比如甲状腺功能异常等。
这种主要考虑是内分泌失调导致的，也可能是因为子宫内膜有些异常，是要到医院进行相关检查，中医方面多考虑是气血亏虚等原因。平时一定要注意休息，改善睡眠，不要熬夜，少吃辛辣刺激性食物。
月经不规律，通常服用一些药物来诱导月经等到月经第二天抽血检查激素6项，看看激素水平是否有紊乱，激素紊乱可以用激素类药物来调节月经周期，如果女性在短时间内体重明显增加，可能是由于雄激素过高和多囊卵巢引起的，这会引起月经紊乱。
月经不调是女性常见的妇科疾病，具体表现为月经量过多或过少、月经来潮时间不准等。由于作息不规律、过度饮食等不良生活习惯会导致内分泌环境的改变，容易导致女性月经不调。此外一些妇科疾病，子宫附件的囊肿等都会影响，另外精神过度紧张，压力过大，情绪等也会影响的，建议在医生的指导下进行治疗。