甲状腺功能减退的最主要危害是导致体内代谢降低，交感神经兴奋性降低。
甲状腺功能减退可由甲状腺手术、甲状腺自身免疫性炎症、碘-131甲状腺治疗引起甲状腺严重损伤，导致甲状腺合成、甲状腺激素分泌不足。甲状腺功能减退表现为低代谢症状，如畏寒、浮肿、体重明显增加、记忆力减退，甚至出现明显嗜睡、嗜睡，同时心脏跳动减慢，严重时心脏增大、心包积液、心功能不全，甚至女性月经紊乱，男性性欲的减退，影响生育，甚至没有及时诊断和治疗，如遇到感染或创伤，诱发黏液水肿性昏迷，即使积极的抢救，生命危险也很高。
甲状腺全部切除后果如下：
1、甲状腺全部切除后，甲状腺激素不能正常分泌，引起手脚发冷、皮肤温度下降、精神萎靡、反应力下降、记忆力下降等甲状腺功能减退症状。此类患者需在医生指导下长期服用甲状腺激素进行替代治疗，必须定期体检调整用量，以保证患者生活质量。
2、同时甲状腺全部切除可损伤周围神经组织，可出现声嘶、吞咽困难、声带轻瘫、瘫痪等后遗症。甲状腺切除手术会在颈部留下疤痕，也影响美观。但甲状腺全切手术时操作不当，可引起术后呼吸困难、颈部肿胀、窒息等急性并发症，需及时处理避免危及生命。
甲状腺功能亢进症的表现主要.有怕热，多汗，心慌，手抖，烦躁易怒，易饥，多食，体重下降，大便次数增多，突眼等。甲状腺功能减退症的症状有乏力，怕冷，水肿，情绪低落，体重增加等。
亚急性甲状腺炎的后果是颈部有显著疼痛感，全身有炎症反应，病人可有浑身乏力现象，食欲减退等。
对于这种情况一般都是先进行对症治疗，然后再考虑是否需要使用药物进行治疗，因为很多时候这些症状都是由一种叫做亚甲炎引起的，所以通常称之为亚甲炎。再者是尽管亚甲炎其典型病程分为3期，甲亢和甲减期，也有恢复期，多数病人甲状腺功能均能恢复正常，但有极个别病人亚甲炎后留下永久性甲状腺功能减退。另外还有部分患者在经过了一段时间的治疗后，其症状仍然没有改善，并且病情还进一步加重，最终发展成甲状腺癌或者是转移癌等严重并发症。这部分病人屈指可数，但若有必须给终身甲状腺激素替代治疗。
血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血、巨幼细胞贫血、脾功能亢进等。所以血小板长期低于正常，应仔细检查血小板减低的原因，如同时化验红细胞、白细胞，或进一步化验骨髓以确定原因，查清原因后再进行相应的治疗。
甲状腺激素偏高的后果可表现为患者肢体抖动、乏力、脸肿、易疲劳、气促、胸闷等，记忆力减退、反应迟钝，以及为舌质淡齿痕、脉沉等。
由于该病多发生在女性身上，女性患者月经减少甚至闭经。男性患者也有可能出现性功能下降等危害。甲减病如果没有得到有效治疗，甲减发展到一定程度时，皮肤可以呈现粘液性水肿。如面颊和眼睑虚肿，脸色苍白，呈贫血或陈旧性象牙色容貌，眼睑下垂引起的眼裂如缝合般狭窄，嘴唇增厚，舌大发音不清，说话缓慢，音调低弱，头发干燥，稀疏。如果长期得不到治疗，也会对患者的内脏造成损害。如侵犯患者肝肾，引起肝肾功能衰竭，患者全身营养不良，自身体质、免疫力、抵抗力下降，易受感染，可发生其余疾病。