首先，替代治疗是服用哌甲酯，即左甲状腺激素片。
对于甲状腺功能低下症状快的孩子，有必要确定甲状腺功能低下的原因。例如，部分是甲状腺自身发育异常引起的，其余是甲状腺功能发育不全引起的，如果自身没有甲状腺，需要终身进行甲状腺激素替代治疗。另外，甲状腺异常症的儿童，症状出现比较晚，需要进行核素扫描。具体用药请结合临床，以医生指导为准。
婴儿先天性隐性脊柱裂是肌肉发育畸形，发病率较高。隐性脊柱裂在腰椎、骶椎、颈椎较常发生。隐性脊柱裂是只有骨性缺失或裂隙，没有神经组织膨出。
通过体检、检查X线拍片、检查CT时被发现。有人没有任何症状，有人会腰酸、腿痛。儿童期间有时会有背部隆起、色素沉着、毛发生长、黑发生长等情况。要密切观察，若有夜尿多、走路比同龄孩子差要高度重视，这种情况可能是脊柱裂，要手术处理，一些孩子保守治疗也可以。
如果出现先天性阳痿的情况，那么最常见的就是进行手术来改善。
但是如果选择药物治疗，可能会耽误病情，建议到专业的医院进行全面的检查，并进行相应的手术。如果出现先天性阳痿，可以通过阴茎植入手术来改善阴茎勃起功能障碍，但是这种手术会带来一些不良反应，在进行手术前要做好心理准备。同时建议在日常生活中，保持一个良好的作息，避免熬夜。
先天性甲状腺功能减退症应给予左甲状腺激素替代治疗，一般从小剂量开始，逐渐给予至完全可替代剂量。先天性甲状腺功能低下的终生必须服用左甲状腺激素钠，使左甲状腺激素水平与正常人相同。
先天性甲状腺功能减退的主要原因是家族遗传因素，甲状腺功能减退症的母亲在孕期不明显控制，或者是需要甲减的患者，即甲减孕妇在孕期不积极治疗，可能引起先天性甲状腺功能减退症。但目前可以对这部分患者进行早期诊断、早期治疗。
先天性的梅毒，需要应用青霉素抗感染，疗程10到14天。可能会通过密切接触传播给其他的人，新生儿梅毒，需要常规的进行脑脊液的检查，看一下有脑积液当中有没有出现梅毒，如果脑脊液当中出现了梅毒，那就应该考虑中枢性的损伤。
