伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢而形成的，一般怀孕是有困难的，现在已经怀孕，如果可以，还是留下比较好。但是如果本身囊肿较大，孕期也有可能会因为受到压迫而发生扭转、破裂甚至恶变，要按时检测彩超和终究标志物。
巧克力囊肿主要是指，子宫内膜的间质或者腺体异位到卵巢，异位的子宫内膜在月经期也可以出现剥脱出血，从而形成巧克力囊肿。要想从根本上治疗巧克力囊肿，只有两种办法，第一，切除双侧卵巢，手术过程中会将巧克力囊肿一并切除，因为卵巢是女性的内分泌器官，切除卵巢，激素水平下降，女性就不会再来月经，手术后残存的巧克力囊肿慢慢就会萎缩吸收。
带着巧克力囊肿怀孕应该注意安全，已经怀孕的情况可能会出现腹痛等不适的情况多，应该注意安全，如果怀孕期间出现囊肿破裂等风险是比较大的，注意计算预产期等，不影响孩子的发育的。
有的人术后会怀孕，有的人可能长期都无法怀孕。因为手术切除内异囊肿，并不能将所有的内异病灶切除，也无法改变腹腔内环境，因为手术无法解决失衡的生理机制和适合内异囊肿生长的内环境，很容易复发。而且手术无法改善低下的卵巢功能，甚至有可能造成损伤。