亚急性甲状腺炎一般不会遗留永久性甲状腺功能减退。
因为亚急性甲状腺炎是一种自限性疾病，即使不治疗，也能自行治愈。亚急性甲状腺炎一般在发病前1-3周出现病毒感染史，此外还可能出现甲亢期、甲减期以及甲状腺功能正常期。甲亢期和甲减期一般不需要吃药，只需要定期复查甲功就可以了，如果颈部疼痛严重，可以口服非甾体类抗炎药，如果出现发热，血沉增快等症状，可以使用激素治疗。
急性甲状腺炎、甲减期患者感觉脚酸是正常现象。
这与患者体内甲状腺激素分泌减少有关。甲减有一系列相关症状，如四肢无力、嗜睡、反应迟钝、皮肤干燥等。甲减影响肌肉代谢，引起患者乏力、乏力等一系列症状。但亚急性甲状腺炎甲减期不严重时，不需要药物治疗，随着疾病进展，转归甲状腺功能正常期的患者，可定期监测甲功。