对于诊断不明确者，可进一步鉴别肺结核、支气管结核、肺癌。通过纤维支气管镜刷检、活检。可以显著提高肺结核的诊断的。支气管镜主要应用于明确肺部肿块性质。寻找可以和阳性痰细胞的起源。对于顽固性咳嗽可以做纤维支气管镜检查明确病因。辅助诊断不明原因的喘鸣。诊断咯血及痰中带血病可进行镜下局部治疗。
肺结核是呼吸道常见的传染性疾病，气管镜是诊断肺结核非常常用，也是非常重要的一种方法。但是，仅仅依靠气管镜还不能完全的诊断肺结核，还需要结合一些其他的检查来进行综合分析和判断。
纤维支气管镜检查是诊断气管、支气管结核的重要方法，对于诊断不明确者，可进一步鉴别肺结核、支气管结核、肺癌。另外，通过纤维支气管镜刷检、活检。可以显著提高肺结核的诊断的(+)。
阴性肺结核不传染，阴性肺结核是指菌阴肺结核，菌阴肺结核为1次痰培养阴性的肺结核。因其不通过痰液等分泌物排出结核菌或仅排出极少量结核菌，所以不具有传染性，不会传染给其它人。菌阴肺结核的诊断主要依靠典型的肺结核临床症状。
气管镜是能够检查出肺结核的。尤其是对于非常不典型的肺部的X光片，或者是CT、核磁共振，很多时间无法看出肺部有结核病灶。需要考虑其他部位有结核的病灶，比如支气管黏膜。可以通过做气管镜，能够发现气管支气管黏膜有结核病灶。
有用，肺结核做支气管镜检查，是肺结核诊断的一种方法，主要适用于临床和X线表现不典型，且痰菌检查不能证实为肺结核的，做支气管镜检查时，可以对支气管和肺内的病灶进行活检，提供病理学的诊断依据。
