体外碎石和微创所使用的手术指征是不一样的，所以没有办法来判断哪种方式是最好。体外碎石使用的指征范围比较窄，但体外碎石的风险比较小，微创手术主要适用于较大的尿路结石，微创手术相对于体外碎石风险要大一些，但手术的效果是比较理想。
体外碎石的危害主要是会出现肉眼血尿，膀胱刺激症以及肾绞痛等。另外也可能会出现肾包膜下血肿，极少数严重的可能出现肾破裂。甚至会对输尿管造成损伤，有导致肾萎缩的潜在风险。
肾体外碎石的危害不大，这种体外碎石对身体肾脏并没有实质性的一个影响，但是这种结石要根据位置和大小的不同才能选择不同的治疗方式，要到泌尿外科或者是结石科室来检查彩超，这样才能做出一个明确的判断，根据结石的位置和大小不同来选择下一步的治疗方式。
对于身体没有什么伤害的。体外碎石即体外冲击波碎石术，是通过体外碎石机产生冲击波，由机器聚焦后对准结石，经过多次释放能量而击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。
长期的体外冲击波碎石可能造成输尿管粘连或者肾脏纤维化，造成肾功能损害或者输尿管狭窄、粘连等。同一部位反复碎石有可能造成输尿管损伤或肾脏损伤，患者出现肉眼血尿或者腹痛症状。体外冲击波治疗较大的结石，可能会产生石阶，导致患者输尿管完全梗阻。体外冲击波碎石治疗时可能因随呼吸活动而定位不准。
肾结石体外碎石危害可能有一定的危害，但是不要过于担心。
尽管肾结石体外碎石是一种无创治疗，但也造成了一定的伤害，肾结石在体外碎石时，很可能会使患者产生部分内脏受损，例如，会使肾脏受到某种伤害，也可使患者血尿，肾结石流出时，也会使患者发生输尿管梗阻，由此导致患者肾绞痛，同时出现尿路梗阻等，会导致周围组织水肿。因此，如果患者患有肾病的话，在进行体外震波碎石之后，应该及时的采取保守治疗措施。当然多次体外震波碎石会有较大伤害，尤其对同一部位多次体外碎石效果更好，可使患者产生某些严重后果，可使患者发生肾破裂或肾衰竭急性发作，部分患者严重者可发生重度出血。但是不要过于担心，建议前往正规医院进行治疗。
