应采用中医治疗，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。抗菌治疗，在治疗上一定要保持水电解质酸碱的平衡，对脱水者来说，一般应该口服补液严重者需要输液来进行均衡身体。
治疗的方法有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有抗感染的治疗方法，选择敏感抗菌药物，静脉给药，待病情好转后改口服。
支持和对症治疗，腹泻次数多者，大便会带走大量水分和电解质，导致脱水和电解质紊乱，轻者可予口服补液盐，严重脱水者，可考虑静脉输液。抗生素治疗，早期用适当的可吸收的抗菌药物治疗，可明显减轻症状和减少志贺菌的排出。
治疗细菌性痢疾的方法有：抗菌治疗，对于大便培养志贺菌阳性者，需要抗菌治疗。中西医结合治疗，用抗菌药控制急性症状外，按中医分型辨证施治用汤药治疗，同时可加用针刺治疗以调整肠道功能紊乱。
对症支持治疗，比如积极控制高热惊厥、及时进行抗休克治疗、维持水电解质酸碱平衡等。出现肠道菌群失调时，还可以应用益生菌，以利肠道正常菌群恢复。抗菌治疗，可使用抗菌药物，静脉点滴或肌肉注射，有效地控制感染。
