可以继续观察为主，若畸胎瘤没有继续变大，可以保持观察。若有变大，或者引起腹痛，需要手术切除。畸胎瘤是临床上常见的肿瘤，根据肿瘤良恶性分为良性畸胎瘤及恶性畸胎瘤。
巧克力囊肿和畸胎瘤的治疗方法主要是手术治疗。区分两者，其实通过CT扫描往往可以鉴别！典型的畸胎瘤具有三胚层组织，比如脂肪、牙齿、骨骼、毛发、肌肉等，如果CT显示病变内有组织成分，即可确诊为畸胎瘤。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，囊肿内往往存在出血，所以CT扫描主要以囊性病灶为主要表现，并且囊内的密度可以比较高，但是没有畸胎瘤的各种组织成分，所以鉴别不成问题的。
畸胎瘤3.5公分属于比较大的瘤体，但是否需要做手术，主要是根据瘤体的性质来决定。如果是恶性的畸胎瘤，那么就需要尽快采取手术治疗，以避免癌细胞扩散。但良性的畸胎瘤，不一定需要采取手术治疗，而是可以通过吃药和运动治疗来达到康复目的。
盆腔包块不是巧克力囊肿，盆腔包块大多数是指起源于附件的包块，即输卵管和卵巢来源的包块。其中来源于卵巢更多见，盆腔包块有良性和恶性之分。巧克力囊肿又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。
畸胎瘤的治疗主要是通过手术，所以也就是必须得手术，如果大于三厘米，就需要尽早的接受手术治疗，在被确诊之后，必须采取积极治疗的准备。因为畸胎瘤形成之后是不能消失的，而畸胎瘤的大小也会影响身体健康，一般利用腹腔镜的治疗效果比较好。
有畸胎瘤的一定要先做手术才能在要宝宝，如果是怀孕之后发现有畸胎瘤的，先做人流手术之后再做畸胎瘤手术，因为这种良性的肿瘤不知道什么时候会转变了恶性的，一旦发现要马上的动手术治疗，这样才不会对生命的影响。