脑部核磁共振检查没有明确的副作用，因为基本原理是探测人体组织内蕴藏量最丰富的氢离子，在磁共振过程中发出电磁波信号测出氢离子浓度及其驰豫时间，作为成像的参数。
脑部核磁共振没有电离辐射，对人体没有放射性的损害。其中脑部核磁共振是利用人体内氢质子，在磁场中产生共振信号来获得的图像。脑部的核磁共振对颅内的检查能够更精确，同时脑部核磁检查不会出现颅骨的伪影，也不需要造影剂，就能够清楚的显示头部冠状位、矢状位等图像。
费用约在1000元-2000元左右。在临床上头颅磁共振检查主要分为磁共振平扫、脑功能成像以及脑血管成像检查，其中磁共振平扫主要针对既往存在的脑血管病变，以及颅内占位性病变进行检查。
脑部核磁共振不能查脑供血不足，可以通过脑部核磁共振观察颅内血管走形及各级分支，观察血管有无畸形，有无狭窄，闭塞等。脑供血不足，需做个脑血管造影才能明确的。
大约2000左右，在一般的三甲综合医院，脑组织的磁共振增强费用包括行磁共振扫描的费用，增强用药的费用以及高压注射器等注射用材料的费用等几部分，脑部的增强脑灌注检查可能也是需要2000多块钱。
体内有磁铁类物质者均不能做此检查，要向技术人员说明以下情况，有无手术史，有无任何金属或磁性物质植入体内，不要穿带有金属物质的内衣裤，检查头颈部的病患应在检查头一天洗头，不要搽任何护肤用品；需要除去内衣以外的全部衣服，要向医生提供全部病史资料，以及X线片、CT片。