费用约在1000元-2000元左右。在临床上头颅磁共振检查主要分为磁共振平扫、脑功能成像以及脑血管成像检查，其中磁共振平扫主要针对既往存在的脑血管病变，以及颅内占位性病变进行检查。
大约2000左右，在一般的三甲综合医院，脑组织的磁共振增强费用包括行磁共振扫描的费用，增强用药的费用以及高压注射器等注射用材料的费用等几部分，脑部的增强脑灌注检查可能也是需要2000多块钱。
胎儿的磁共振费用一般在几百到上千元不等，要根据每个医院的级别，以及当地的物价部门的规定判断。
随着医疗技术的发展，很多新技术都应用于产科胎儿的异常诊断中，磁共振是这几年开始兴起的一种新型检查仪器。主要通过B超判断胎儿结构如胎儿的颅脑结构有异常、侧脑室增宽或者颅后窝增宽，其费用在级别较低的医院可能几百元，级别比较高的医院可能在一千块钱左右。
每个地区的收费都是不一样的，头部ct大概2百-4百元，头部核磁共振7百-1千元。核磁共振几乎适用于全身各系统的不同疾病，如肿瘤、炎症、创伤、退行性病变以及各种先天性疾病的检查，注意劳逸结合，放松心情，饮食清淡，避免吃辛辣油腻刺激性食物。保持好心情。
脑部核磁共振没有电离辐射，对人体没有放射性的损害。其中脑部核磁共振是利用人体内氢质子，在磁场中产生共振信号来获得的图像。脑部的核磁共振对颅内的检查能够更精确，同时脑部核磁检查不会出现颅骨的伪影，也不需要造影剂，就能够清楚的显示头部冠状位、矢状位等图像。
脑部核磁共振检查没有明确的副作用，因为基本原理是探测人体组织内蕴藏量最丰富的氢离子，在磁共振过程中发出电磁波信号测出氢离子浓度及其驰豫时间，作为成像的参数。