目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。
巧克力囊肿做腹腔镜手术是不会疼的，因为在手术中会用到全麻，病人会在麻醉结束后昏迷。
手术完成后，患者可能会出现小腹的疼痛和不适，这是因为麻醉药物药力会逐渐减弱，直至消失，但这种不适症状通常在术后24小时能够自行消失。做手术之后一定要卧床休息,不要做剧烈的运动,还要注意腹部保暖,避免着凉，饮食以清淡、营养为主。
两边都有聪明的囊肿。如果卵子正常，排卵正常，可以自然受孕。如果有双侧巧克力囊肿并且长期未怀孕，做腹腔镜治疗。腹腔可以疏通输卵管，治疗囊肿，二级以上公立医院都有腹腔镜检查，治疗效果良好。可以通过手术治好，也可以有孩子。
腹腔镜术后盆腔粘连的症状一般表现为身体不同程度的出现低热的现象，腰部酸痛腹部胀痛，月经量明显比以前增多等。平时注意外阴卫生，保持外阴干爽透气，注意加强营养，定期到医院进行复查。
巧囊术后十五年没有复发，不会再复发，手术治疗是比较有效的治疗方式，如果在手术过程中，子宫内膜没有完全剥离，在术后一到两年也许会复发，如果在术后十五年没有复发，复发的几率会降到最低。
