通常情况下，肾结石如果治疗不及时不彻底会引起肾萎缩。
肾结石假如医治不立即完全，不消除对肾脏的进行性损害，就会造成肾脏萎缩状况。大部分结石患者可以根据系统正规的检查治疗，但一部分患者并没有显著的临床表现，或者没有发现结石，或是发觉肾结石后没完成相对应的医治。肾结石进行性的发展可引起肾脏的积水。伴随肾脏萎缩、肾功能阻碍、比较严重的患者会造成肾功能缺失。
高血压会引起肾萎缩。
高血压的一种病理变化是异常血管平滑肌变厚，血管壁玻璃样变，特别是入球小动脉玻璃样变，管腔进行性收缩会对肾小体灌注造成一定的影响。有间质淋巴细胞浸润的肾小球玻璃样变。炎症的吸收往往会被纤维结缔组织所替代，最终导致肾脏细胞的数量不断下降，最终被纤维结缔组织所替代。肾萎缩主要是由于肾脏的体积变小，表面呈现颗粒状，肾脏周围的脂肪组织也会增加。
一般情况下，肾结石可根据结石大小及位置以口服药物及手术治疗、经皮肾镜等方式为主。具体分析如下：
1.若结石直径小于0.6cm。建议患者日常多饮水，适度运动，可在专业医师建议下，遵医嘱加口服排石药排出。
2.若结石直径大于0.6cm小于2cm。患者可选择体外冲击波碎石，也可根据结石的位置做微创手术治疗。
3.若结石直径大于2cm。那么结石多数位于肾脏内，可以做经皮肾镜治疗。
最后，建议患者日常多注意预防，日常多喝水，适度运动，不憋尿，避免吃豆制品和含有结石成分的食物。
肾动脉狭窄导致肾缩小，通常情况下很难扭转。
所谓肾萎缩，其实就是肾脏内部分组织被破坏，坏死了，以此为基础将纤维瘢痕组织代替原肾组织，因纤维瘢痕组织体积较肾脏实质之间显着缩小，因此肾脏呈现萎缩和体积减小的特征。肾动脉狭窄可导致肾萎缩，其实，有许多原因，如损伤肾脏，均有肾脏萎缩的表现，无论何种病因引起肾萎缩，一般不可逆转。由于肾的组织是不能再生的，因此，肾动脉狭窄导致肾萎缩，已缩小了的地方就再也无法复原了。治疗旨在推迟其余健康组织继续受损，控制肾动脉狭窄所致的有关并发症。
糖尿病会导致肾脏萎缩。
如果一段时间糖尿病患者血糖控制不稳定，肾脏的供血就会受到影响。糖尿病造成的危害有很多，肾萎缩只是其中之一，但每个患者的病情不同，诱发该病的概率也不同。肾脏萎缩是糖尿病患者最严重的并发症之一，是由于长期血糖控制不稳定所致。在这种情况下，一方面要用药物控制血糖，另一方面要保持肾脏健康，这样才能保证病情得到控制。当然，建议患者了解清楚糖尿病与肾萎缩的具体关系，以便确定对症治疗方案。因此，患者必须积极控制血糖，防止对肾功能的影响。
肾积水较好的治疗方法为手术治疗。肾积水多是由于泌尿系统梗阻导致，常见原因为泌尿系结石，肿瘤压迫输尿管或泌尿系结核感染导致输尿管狭窄等，多是由于前列腺增生所引起。肾积水的治疗首先应解除梗阻，如为前列腺增生所致，则行前列腺切除手术。如存在输尿管结石，则应行碎石或取石治疗。如为肿瘤压迫引起，则应切除肿瘤或置入双J管解除梗阻。若肾积水时间较长，肾功能严重损害，可考虑行患侧肾切除术。
