支原体和衣原体感染，是性接触性传染，主要是使用敏感性抗生素进行治疗，需要2到3周左右的治疗时间才能够恢复。在治疗的过程中，一定要注意禁止性生活。在机体抵抗力下降的状况下，还是容易复发，所以必须加强营养，增强体质。合理的安排休息时间，不可熬夜，不可以吃刺激性食物。
沙眼衣原体感染可能会出现怕光、流泪、异物感、视物模糊、眼痒、眼红等症状。
沙眼衣原体在感染后，会感到眼睛里面有沙子，会有异物感，会有充血、浮肿等症状，有些人会在灯光的刺|激下会表现为闪避和哭泣，也会感到眼部发痒，并伴随着分泌物。沙眼会慢慢蔓延到角膜，导致视力变得模糊，并伴随有眼眶的发炎和发炎，上眼眶的结膜会有一些黄色的小点。患者应该尽快就医，以免出现其他的并发症。
一般情况下，小孩衣原体肺炎主要是用大环内酯类药物进行治疗。
如果咳嗽咳痰并且伴有发烧症状，建议还是静脉输液治疗，主要是用大环内酯类药物进行治疗，常用药物有阿奇霉素、克拉霉素等。同时，患儿同时可有发热等伴随症状，需给予对乙酰氨基酚、布洛芬等药物进行对症处理，多吃一些新鲜的瓜果和蔬菜，避免烟雾和寒凉刺激。
一般情况下，怀孕后支原体、衣原体感染可以在医生的指导下服用大环内酯类药物治疗，比如：阿奇霉素。
支原体、衣原体感染可以经胎盘垂直传播或逆行性感染，引起宫内感染，可导致流产、早产、胎儿宫内发育迟缓等，小孩出生时可能会导致感染，出现结膜炎等。对于孕期的特殊感染，除了支原体、衣原体，还有弓形体、巨细胞病毒、风疹病毒等。这些特殊感染可能会造成胎儿畸形，要及时筛查，及时处理。
女性衣原体阳性是比较好治疗的。
衣原体属于革兰阴性病原体，患者不用担心，可以遵医嘱使用药物进行治疗，经治疗后能够得到有效的处理。患者可以通过服用四环素、强力霉素等进行治疗，如果有抗药性或疗效不佳，可以在医生的指导下服用洛美沙星、环丙沙星等药物。
