卵巢巧克力囊肿是卵巢囊肿的一种。临床资料显示卵巢囊肿患人有50克囊肿。患有这种疾病的人很难怀孕，因为囊肿会阻塞卵巢，从而削弱卵巢产生卵子的能力，并极大地影响卵子的质量。此外，如果囊肿堵塞输卵管，即使能产下卵子，卵子也不能进入子宫，这也会导致不孕，所以更难受孕。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
正常卵巢囊肿不治疗，自己好的可能性很小，特别是年轻女性激素活动频繁，更降低囊肿的自愈几率。如果不治疗可能会变大，卵巢囊肿万一变大，就可能使下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。
巧克力囊肿会对孕育产生很大的影响，要到医院进行检查和治疗。子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。这种症状是要进行治疗的。
如果不及时治疗，可能会有以下危害。囊肿破裂危及生命，当巧克力囊肿生长到一定大小，有可能出现并发症，比如感染、囊肿蒂扭转、出血或破裂等，均能危及女性的生命。另外，囊肿在早孕时可能会引起流产，中期妊娠时可能发生囊肿蒂扭转，孕晚期可能会导致胎位异常。分娩时可能会阻塞产道，引起难产。因此巧克力囊肿及时去正规医院的妇科进行检查、治疗，以免延误病情，危害身体健康。
会一直存在。巧克力囊肿虽然是良性的疾病很少发生恶变。但是却有增生、破裂、浸润、转移及复发等恶性行为。当巧克力囊肿没有得到一定的治疗发生越来越大的情况下很容易出现巧克力囊肿破裂的情况，如果巧克力囊肿出现了破裂严重的时候有可能会导致致命。因为巧克力囊肿的囊液有很大的侵蚀性。
