大部分的乙肝小三阳病人都难以转阴，只有一小部分可以转阴。
乙肝小三阳是乙肝表面抗原阳性、乙肝E抗体阳性、乙肝核心抗体阳性，是乙肝病毒的免疫学指标。乙肝小三阳患者的病情很难转阴，这是由于乙肝病毒感染后，人体会长时间携带病毒，如果不及时治疗，几乎不会出现转阴。
建议患者选择适合自己的方式治疗，定期复查。
三阳的乙肝表面抗原转阴，也就是说，乙肝小三阳体内的乙肝病毒，经过自身的免疫清除能力，或者药物治疗清除乙肝病毒，在血液中检测不到乙肝表面抗原。乙肝小三阳彻底是指乙肝表面抗原的转阴，但实际上，采用传统治疗方法和药物进行治疗乙肝表面抗原转阴也是病毒复制的模板，HBVDNA转阴了，病毒复制停止，引起的肝损伤会减少，乙肝小三阳转为肝硬化、肝癌的几率也降低，病情得到了控制，对健康的威胁也降低了。
乙肝小三阳转阴是一个非常好的结果，可能是由于机体抵抗力不断增强以后，清除乙肝病毒，而出现乙肝表面抗原或者乙肝病毒DNA成为阴性。但是真正的转阴需要在第一次转阴后，至少连续三个月都要进行一次化验检查，并且要在不同的医院进行化验。如果转阴持续半年至一年仍然是阴性，才是真正转阴。避免出现偶然性转阴以及化验误差。
只有很少一部分人感染了乙肝小三阳后通过治疗可以转阴的，绝大多数病人都是不可以转阴的，只能服用抗病毒药物进行抗病毒治疗，维持乙肝小三阳现状，不让疾病更加严重。但是现在医疗技术发展很快，不久的将来很可能会实现让乙肝小三阳转阴的技术。
乙肝小三阳的转阴，首先应该将病毒定量转为阴性，可以选择口服核苷酸类的药物，在短期内将病毒转阴，肝功能恢复到正常。干扰素的治疗除了起到抗病毒的作用，还可以起到很好的调节免疫方面的作用，可以使表面抗原转阴。
乙肝小三阳转阴代表的是，机体彻底清除了乙肝病毒，表面抗原的阴转。乙肝小三阳主要具有传染性，病人体内存在乙肝病毒，对病人的身体有极大的危害，转阴会对病人的病情有一定的帮助，病情会逐渐恢复。
