病人的泌尿生殖系统感染了衣原体，这属于性传播疾病的一种，主要通过不洁性行为史感染。一旦患有这种疾病，短时间内不能再发生性生活，并且要进行积极有效的抗感染治疗。尽量是夫妻双方同时检查和治疗。
妇科衣原体可以通过药物治疗、生活护理等方式来治疗。
患者感染衣原体，可能会引发生殖器出现感染，患者可以在医生的指导下使用阿奇霉素、红霉素或四环素等药物进行治疗，平时还需要注意卫生，保持良好的卫生习惯。并且在治疗期间，避免发生性行为，以免出现交叉感染的情况。同时，伴侣也可以一同进行治疗。
女性衣原体感染的治疗主要有药物治疗、手术治疗等。
1.药物治疗：四环素，多西环素，红霉素，阿奇霉素，克拉霉素等一线治疗药物是肺炎衣原体感染的首选药物。四环素类、大环内酯类药物治疗沙眼衣原体感染。
2.手术治疗：沙眼后遗症和并发症的治疗，滤泡多的挤压术，睑内翻和倒睫者手术矫正。手术治疗合并尿道狭窄、女性不孕等。
患者应根据医生的判断，避免自行用药，选择适合自己病情的治疗方法，以免延误病情，防止病情恶化。遵照医生的指示进行治疗和用药。
肺炎衣原体阳性通常需要使用药物进行治疗。
肺炎衣原体阳性者提示机体内存在肺炎衣原体感染所致疾病，会导致气管炎、咽炎、扁桃体炎等疾病。肺炎的病情会使人体浑身发热、酸疼、声音沙哑等，咳嗽及其他症状。衣原体感染者可使用大环内酯类的药物，如红霉素肠溶片、罗红霉素分散片等进行抗感染治疗。
衣原体阳性可以通过药物治疗、生活护理等方式来改善。
如果衣服原菌呈阳性，可以考虑进行药物的抗菌药物。常见的是阿奇霉素、罗红霉素和红霉素等大环内酯；眼睛有衣原体的炎症，可以选择用红霉素眼油。如果是比较严重的，可以通过静脉输液来进行。还可以口服多西环素、克拉霉素等药物。
