性功能障碍治疗主要包括以下几个方面：性功能障碍药物治疗：针对不同的性功能障予以相应的药物治疗；物理治疗：如不射精可进行电动摩擦治疗，不兴奋可进行振动治疗；手术治疗：如包茎、包皮过长进行包皮环切术，器质性阴茎勃起障碍可以假体植入治疗等。
性功能障碍患者在用药过程中能否妊娠，仍需结合具体患者情况而定，以具体分析。
首先要清楚，性功能障碍时可以做到，吃什么药。由于某些药物对妊娠可产生某些影响，而且某些药物对妊娠可能不会产生显着影响，或影响相对较少，例如，对于某些中成药在服药过程中就能受孕，还有一些西药也会产生一些作用。由于用药过程中会造成患者部分妊娠时的畸形，或出现某些严重不良反应，部分患者可引起早产、流产等这些表现，因此对性功能障碍患者来说，用药过程中仍尽可能不妊娠，怀孕或尽可能停药后妊娠，再次考虑相对安全的问题。
在临床上，引起性功能障碍的原因有：
第一点，就是生理上的问题，当人类变老时，性机能就会慢慢衰退。
第二，是心理上的原因，此外，也存在着一定的心理和心理问题，比如说患者在做爱的过程中会很紧张，也会因为之前的性爱失败而产生不正常的行为。还有一些性机能失调，这也许是因为宗教的文化观念造成的。
第三，也有可能是由于肥胖症引起的，患有糖尿病的患者，可能会引起性功能障碍。
男性功能障碍的内容主要有以下几个：
一、性欲障碍；二、插入障碍；三、勃起障碍；四、射精障碍的4种主要病症。临床门诊多见是勃起功能障碍，早泄等。阴茎不能正常地进行性交活动叫做早泄，包括阴茎插入阴道以后，不到1分钟即射精，或射精时间显著减少，或无法控制射精时间，亦无法延长射精时间，也对夫妇双方产生了一些心理影响。勃起功能障碍是指男性不能维持或继续维持勃起完成性生活。
如果症状比较严重，需要及时就医检查，排除相关疾病。
性功能障碍的治疗较为复杂，这是因为性功能障碍的发生和多种因素相关，可时心理性或器质性或混合性因素所造成。器质性因素多为血管性，神经性病变及内分泌等变化。
性功能障碍以男性衰老出现性功能障碍最为多见，该病例经口服西地拉非可取得有效治疗。性功能障碍还可由心血管，高血压，糖尿病及高脂血症，肥胖等内分泌疾病所造成，有必要说把原来病有效地控制住，解除对血管内皮细胞的伤害，而对这些疾病的治疗药物应引起重视，还会造成性功能障碍。因此，一定要规范性用药，还要协助他达拉非和西地那非的好转，若在医院信息处造成用药，则疗效不一定理想，需手术治疗。
性功能障碍常见于男性，分为阳痿或者是早泄。针对阳痿的症状，可以平时可以吃合适药物、西地那非等来进行治疗。针对早泄，可以吃合适药物来进行调理治疗。平时要加强锻炼身体，治疗性功能障碍。同时治疗性功能障碍，需要男女双方进行配合，可以采取性行为疗法来进行共同治疗性功能障碍，包括阳痿、早泄这些症状。另外，心理方面要注意疏导，可以与女方进行沟通，选择比较良好的环境来进行同房，也有助于改善性功能障碍。
