巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
巧克力囊肿如何检查问题，需要做的检查有：阴道后穹隆穿刺。这种检查可以抽出咖啡色或者是巧克力色浑浊液，甚至有的是血性液体。抗子宫内膜抗体，这是一种以子宫内膜为靶抗原，可以引起一系列的免疫病理反应的一种自身的抗体，是子宫内膜异位症的一个标志抗体。B型超声检查。这种检查方法可以看见附件区和子宫密切相连的地方有一个轮廓不规则的囊腔，其液性暗区中充满弥漫性的杂乱细回声，或者是不均匀的片状回声。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。如果有生育要求，要尽快的怀孕，因为子宫内膜异位症是引起不孕证比较重要的原因，所以随着病情的发展，不孕症的发病率会逐渐升高。卵巢巧克力囊肿做手术很容易复发，如果症状不是很严重，暂时可以保守治疗。
月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，性交疼痛，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的情况。手术治疗，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题。
健康孕妇吃适量巧克力不成问题。
若血糖正常、体重处于理想范围内、早孕反应较重，巧克力就是补充碳水化合物的绝佳食品。怀孕期间如有血糖、血脂异常则忌巧克力。
患者需要注意的是，如果怀孕期间体重增加过快或怀孕前体重增加较多，则宜少吃巧克力。主要是因为巧克力含有大量碳水化合物，对血糖血脂代谢有一定影响，有利于体重增加。
巧克力囊肿其实就是子宫内膜异位囊肿，正常时候子宫内膜应该生长在子宫内，受到女性体内激素的影响，每个月脱落一次，如此便形成了月经，但脱落的子宫内膜碎片若是逆流进入盆腔，就会形成异位囊肿。
