肾囊肿主要采取保守和手术的方法治疗，不必采取刻意的治疗，只要定期随访观察就行。结石药物治疗应选用脲酶抑制剂，有控制结石长大的作用。非药物治疗包括体外冲击波碎石，是通过X线或超声定位，利用高能冲击波聚焦于结石，裂解结石，使其随尿液排出体外。
肾结石的治疗根据结石的大小而定，如果说是比较小的结石，并且有血尿的症状，可以考虑体外碎石治疗，如果说比较大的可以考虑到医院的泌尿外科进行检查，查明情况，对症治疗。
附睾结石及时手术，如发现慢性炎症刺激，可能是炎症、疼痛、睾丸肿胀等，如果结石没有明显症状，可以暂时保守治疗，定期复查。如果保守治疗是使用消炎镇痛药，对症治疗可以缓解症状。附睾结石也称为精囊结石。生病期间不要吃刺激性辛辣的食物。不要抽烟喝酒，养成良好的工作和休息习惯。
如果孕妇肾结石的病情是轻度的，可以多饮水，减少散步的次数，增加身体的代谢速度，从而加快体内的代谢，从而加快排泄。
如果怀孕期间出现了肾结石，建议到医院进行B超的诊断。如果石头不超过2公分，建议多饮水，每天适量的锻炼，避免草酸类的摄入量。在生产完成以后采用震波进行体外碎石。如果结石比较大，可以在生产后进行外科摘除。
胆结石用中医的说法是肝火旺盛，胆部位的新陈代谢淤积造成的胆结石，可以通过服用疏肝去火，利胆健脾的中药汤剂，从身体内部调节器官的功能加速局部血液淤积的排出，能够有效的缩小胆内结石的体积，缓解身不舒服的症状。
