非淋菌性尿道炎可引起一系列并发症。可造成性功能障碍，如性欲减退、阳痿、早泄等，男子不育，植物神经功能紊乱，如烦躁易怒、精神萎靡、失眠多梦乏力等。非淋菌性尿道炎合并附睾炎者，会导致梗阻性无精子症，造成男性不育。另外，非淋菌性尿道炎还会导致睾丸炎、输精管炎等疾病。
非淋菌性尿道炎既危害到男性又影响到女性，通常患病后会对男性的附睾带来负面影响，进而引发附睾炎，从而对生育带来影响；而对女性的危害则没有男性表现的那么直观，但是会因为病症的一再发展对宫颈、盆腔带来影响。进而引发黏液脓性宫颈炎、急性盆腔炎等病症发生，最终导致女性发生不孕。还常常会引发尿急、尿痛等情况发生。
如果尿道有分泌物，并且已经被诊断为细菌性阴道炎，可以通过静脉注射抗生素来治疗感染。治疗期约为7-10天。同时，外用药物也可以用来冲洗局部区域。其次，应注意当地卫生，经常更换内衣，并将内衣暴露在阳光下。
非淋菌性尿道炎是一种传染病。这是一种有多种原因的综合征。主要由淋病以外的其他病原体引起，如沙眼衣原体和支原体。非淋菌性尿道炎会引起，男性附睾丸炎，前列腺炎等。非淋性尿道炎的危害是很大的，时仅表现为晨起痂膜封住尿道口或污染内裤。处理不当或治疗不及时可引起并发症，如发生此病应及时就诊。注意平时提倡洁身自爱，减少混乱性生活的现象。治疗期间应避免性生活。
非淋菌性尿道炎通常是好治疗的。
治疗非淋菌性尿道炎可采用抗生素药物和消炎抗感染等药物治疗，还可多吃有清热利尿作用的食品来协助治疗，从而达到根治的效果。非淋菌性尿道炎病人在治疗过程中，要注意尿道口干净、卫生，要天天用温水冲洗，不要久坐不动，同时还要保持良好的生活规律才能快速康复。
非淋菌性尿道炎是指由淋菌以外的其他病原体，主要是沙眼衣原体和支原体等引起的一种性传播疾病。在临床上有尿道炎的表现，但在分泌物中查不到淋球菌，细菌培养也无淋球菌生长。女性常合并子宫颈炎等生殖道炎症。
