对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。手术有腹会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。肛门闭锁的患儿没有排便反射，需要术后不断训练，养成良好的排便习惯。
肛周湿疹最重要是保持干燥，所以每次大便后用毛巾清洗屁股，如果效果不佳再考虑用使用相关药物。肛门湿疹较好发于营养好且肥胖的孩子或消化不良者。为了防止婴儿食物过敏，在开始试用新的食物时，必须从少量开始，逐渐增加，如无过敏，经过7天-10天后再增添另一种新的食物。
该病是先天性疾病，外观看不见肛门在何位置。可根据类型选择腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术等。如肛膜较厚者，可切开皮肤和直肠，将直肠粘膜下牵，与皮肤缝合。术后扩肛，每周2～3次，直至肛门无狭窄为止。
建议当地三甲医院或三甲以上的医院检查治疗，由于内口的存在，分泌物，粪便等会通过瘘道排出，自己恢复的可能性不大，需要考虑手术切除治疗，但由于存在一次性切除有可能导致便失禁，因而多采用中医的挂线治疗。
可以根据直肠盲端距肛门皮肤的距离，采取不同的手术方式，如果直肠盲端距肛门皮肤1.5cm以下，可以进行一次性肛门成形术。或尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。根据类型选择不同的手术方法。
肛门直肠狭窄：对肛门直肠狭窄的新生儿，只需每天做持续扩肛即可。或高位锁肛：一是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，常见症状有出生后无胎便，或胎便排出延迟，呕吐，腹胀等完全或不完性梗阻表现。
