可以先用保守治疗一段时间，但是要及时观察，当肿瘤长大较快时最好的方法是手术治疗，但是切除以后还会有复发的几率，所以在手术以后要进行放化疗，然后配合药物提高身体免疫力防止复发。
间质瘤如果肿瘤不是很大的状况下，可以先用保守治疗一段时间，但是要及时观察，当肿瘤长大较快时治疗方法是手术治疗，但是切除以后还会有复发的几率，所以在手术以后要进行放化疗，然后配合中药提高身体免疫力防止复发。
目前对于临床已经确诊为间质瘤，如果没有手术禁忌，应当考虑进行手术治疗。虽然胃间质瘤生长较为缓慢，但是有潜在恶变的倾向，无论直径大小均应当考虑及时处理。目前对于胃间质瘤，可以腹腔镜下手术治疗。对于胃体和胃底的胃间质瘤应当考虑行胃楔形切除术。切除的范围应当距肿瘤1-2cm，不仅要完整切除肿瘤，还应切除部分正常的胃壁组织。
如果是胃肠道间质瘤的情况，那么考虑这个时候出现有骨转移的话。胃肠道间质瘤的治疗。具体的是手术联合靶向分子药物的综合治疗方法那么这个时候出现转移，考虑是需要结合病理的情况。遵医嘱进行进一步的治疗改善的。
肠间质瘤是消化道肿瘤中比较常见的软组织肿瘤。其病因多见于KIT以及PDG-FRA的突变。胃肠间质瘤可以起源于胃肠道的任何部位，但是胃及小肠是最为常见的初发部位。病人最常见的症状为进食后饱胀感，腹痛，腹胀，腹腔内出血，消化道出血以及贫血相关性乏力。也可以出现肺以及腹腔淋巴结转移，治疗上以手术为主。
胃肠间质瘤是恶性肿瘤，大部分的胃肠间质瘤恶性程度不是很高，治疗方法主要是手术切除及靶向药物治疗。现在诊断是胃肠间质瘤的情况下需要及时的手术切除及病理化验，如果胃肠间质瘤直径大于5厘米的症状下，术后一般需要口服靶向药物如格列卫，预防肿瘤复发及转移。
