目前对于肾结石的治疗要结合结石的种类而有所区别。如果结石不超过两厘米，可以进行体外冲击波碎石。另外注意多喝水，促进结石的排出对。对于酸性的结石一般是可以服用碱化尿液的药物，对于碱性的结石可以使用酸化尿液的药物。
膀胱结石的治疗方法主要应看石头的大小。如果石头比较小，可以多饮水、多活动，甚至做一些蹦跳运动，这样石头可能会自行排出。如果是比较大的石头，就应该采用介入手术的方式，可以用开放的取石，也可以用激光碎石或者体外碎石。
是很难通过药物排石排出体外的，最好是通过体外震波碎石或者是输尿管镜激光碎石的方式治疗比较稳妥。这样的手术属于微创手术，三到四天的时间就能够出院并不是特别风险大的问题，尽快做比较稳妥。
双肾结石可以通过喝水、药物、手术等方式进行治疗。
对于结石较小，且没有尿道阻塞或感染的患者，保守治疗是首选的。如果是6mm以下的结石，可以通过多饮水来调节饮食。病因治疗：病因明确的肾结石要从根本上解决，比如：甲状腺功能亢进要把肿瘤切除，阻塞要清除梗阻，炎症性结石要彻底清除感染，要对症进行镇痛解痉、利尿排石，同时还要注意防止感染。体外震波疗法是指通过碣石附近的冲击波引起的一系列物理作用，对直径小于1cm的结石进行治疗。如果不能用药物来减轻疼痛，或结石的直径很大，可以通过外科手术来取出结石，或将其粉碎为细小的颗粒。
肾结石预防及治疗方法，具体分析如下：
对于肾结石要是平时做好一些预防措施，主要就是饮食方面的话在生活中做好一些预防，饮食方面要清淡，可适当增加新鲜蔬菜、水果等，对于防止肾结石形成有益。此外，在防止肾结石的形成过程中也起着关键作用，即大量饮水，饮水才能产生较多尿液，才能使某些易形成结石的物质及时从尿液中排出，从而很好地防止肾结石发生。肾结石，形成后要积极治疗。早期可采用保守治疗，可获得较理想的疗效，梗阻较严重或结石体积较大时，则可能需手术治疗。
可以采用无创保肝取石，在ERCP内镜的基础上研制出的一种高新胆管内镜系统，在ERCP内镜基础上，采用十二指肠大乳头球囊扩张胆管出口，将ERCP纤维内镜送入胆总管内，通过胆总管直达肝内胆管，通过肝内胆管球囊扩张肝内胆管，扩开肝内胆管内径，通畅取石通道，可以一次性彻底清除肝内胆管结石，手术全程在视频可视下内镜操作，无痛、无创伤、无出血，一次彻底治愈肝内胆管结石，保住正常的肝脏组织。
