就目前而言，针对乙肝肾炎还没有特效的治疗方法，免疫制剂虽然对多种类型的肾小球肾炎有作用，但可能延缓宿主清除乙肝病毒的能力，因此多数人不主张激素治疗。
干扰素具有抗病毒的功效。对于肾脏的炎症，可以选择护肾的药物。其实乙肝的治疗很重要，如果能够将乙肝病毒控制在检测不到的程度，消除了病因，肾功能也会慢慢恢复，如果需要的话，可以选择免疫抑制剂或糖皮质激素来进行治疗。
如果是隐匿性肾小球肾炎，没有水肿，没有高血压，肾功能稳定，只有少量的血尿或者蛋白尿，无需特殊的药物治疗，只要避免劳累、感染以及肾损伤的药物，定期的监测血压，监测24小时的尿蛋白定量，内生肌酐清除率。
肾炎可以通过药物疗法来进行治疗。肾炎长期不治疗不仅造成肾功能损害，还会导致内分泌、循坏、消化道等功能障碍，严重的可危及生命。平时少吃高蛋白食物，低盐饮食，定期到门诊做尿液及肾功能检查。
改善相关的临床症状，治疗肾炎的相关并发症，通过治疗可以延缓肾病的发展，改善肾脏的功能，但是前提应该做肾脏穿刺，明确肾炎的类型。应用药物治疗，药物治疗的种类比较繁多，必要的时候进行透析治疗，当肾炎发展到一定阶段，比如尿毒症可以应用腹膜透析或者血液透析的方式进行治疗。
肾病的尿蛋白治疗需要个体化。需要考虑病因，具体肾脏病理类型，合并症等症状，以肾炎为例若病患尿蛋白量很少，在0.3g/天以下，肾功能稳定，血压正常，这时可以不进行治疗，定期观察就可以。