根据类型选择不同的手术方法。如肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。或是腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术等。
儿童先天性肠闭锁在经过有效的治疗后，治愈的可能性较高。
儿童先天性肠梗阻是指胎儿在发育过程中出现的空化不完全所引起的消化道畸形。建议尽早进行手术治疗。儿童先天性肠闭锁可以早期治疗，闭锁部位越高，预后越好，可以根据病情选择不同的手术方法，例如膜式闭锁时进行隔膜切开，盲段闭锁时进行端吻合术，结肠闭锁时先进行结肠造瘘，再进行肠吻合术。
正常情况下，婴儿先天性胆道闭锁症状如下：
胆管关闭的早期症状就是黄疸，最初，黄疸只在巩膜处出现。出生8周内，随时都会有黄疸，但以后出现的可能性很低。有一些宝宝会表现为没有胆红素的粪便，即灰白色，也有可能是陶土颜色。由于有尿液中的胆红素分泌，大部分的宝宝都会有尿液颜色的增加。若无发现黄疸且儿情况恶化，则会出现肝大，质硬和脾脏增大。
这是一种没有肛门的先天性畸形。如果是这样一种疾病，就需要积极治疗、外科治疗、重建肛门以恢复其消化功能，并实现与正常人一样的生长发育，而且是这样一种疾病，需要立即进行紧急治疗。
先天性胆管闭锁站在临床的角度就需要警惕以下几个方面的因素，第1个就是先天发育不良，第2个方面就是局部发育功能的问题，比如下段位置有梗阻堵塞，肯定会引起局部胆管闭锁。可以通过手术疏通的方式治疗，然后就是进行疏通治疗，小孩子基本上还是先天性的发育问题，所以手术是最有效的。
一般情况下，先天性宫颈闭锁的治疗方式主要为手术治疗，术后常需予药物治疗。具体如下：
一、药物治疗
1、头孢西丁钠：该药物主要用于术后预防感染，对头孢西丁及其它头孢菌素类药过敏的患者禁用。孕妇及哺乳期妇女、早产儿、新生儿慎用。另外，严重肝、肾功能不全患者慎用，胃肠道疾病，尤其是结肠炎病史的患者也需要慎用。
2、甲硝唑：与头孢西丁钠联合用药，为经阴道手术的常用抗生素，可以用于术后预防感染。但是妊娠期妇女及哺乳期妇女禁用。
二、手术治疗
1、子宫颈成形术：该手术主要适用于Ⅰ型或Ⅳ型患者。Ⅰ型子宫颈闭锁主要是因为闭锁的子宫峡部呈积血膨大的囊腔，囊壁为厚约6mm的肌性组织。术后患者不需要宫腔置管来防止粘连，如无盆腔严重合并症的患者，可保留生理生殖功能，经会阴途径行子宫颈成形术。Ⅳ型患者主要是因为该类患者无子宫峡部，孕期不能形成子宫下段而致不育。术后须子宫颈管内置管至子宫颈外口创面全部上皮化，日后注意避孕。
2、子宫切除术：适用于Ⅱ、Ⅲ型患者，因闭锁段子宫颈较长而且韧性大，很难打通，即使打通也会再闭锁，因此应切除子宫，待婚前再行阴道成形术。另外，患者子宫体下端口敞开无子宫颈黏液栓，出现子宫腔感染后，还需要要切除子宫。
