龟头流脓刺痛可能是存在尿道感染。引起尿道感染的病原菌有多种如:支原体、衣原体、淋球菌、葡萄球菌、杆菌等。而且尿道炎不及时进行治疗容易诱发前列腺炎等。所以可以到的生殖感染专科就诊，基因芯片检测系统可以对感染的病原菌进行准确的定性定量分析，以明确诊断，及早治疗，以免病情延误。
这是由淋病感染引起的。男性淋病感染的潜伏期通常从2至10天开始，伴随着尿道的灼烧、瘙痒、肿胀和外翻，排尿时的灼痛伴随着尿频和少量尿道粘液分泌物，然后尿道粘液上皮在3至4天内会发生集中坏死，并且会产生大量脓性分泌物。淋病的治疗应该首先通过检查尿道分泌物来确认。如果发现淋球菌，必须及时治疗。
一般情况下，尿痛流脓通常是普通尿道炎、淋菌性尿道炎、非淋菌性尿道炎引起的。建议及时就医，查明病因，对症治疗。具体情况分析如下：
1.普通尿道炎患者会出现尿频、尿急、尿痛、尿道口流脓等症状，尿常规显示大量白细胞。
2.淋菌性尿道炎需要进行脓液涂片检查才能发现淋球菌，患者可能会出现尿痛、尿道口流脓的情况，脓液比较多，比较粘稠，呈黄脓色。
3.非淋菌性尿道炎一般都是因为不洁性交导致的。
尿有刺痛感、流脓需检查尿道口脓液，以确定引起尿道炎致病菌，以便选药处理。
若因大肠杆菌、淋球菌及其他感染所致，病人可口服头孢克肟分散片、头孢拉定胶囊等头孢类抗生素治疗。若由于支原体、衣原体感染所致，病人可口服如阿奇霉素、米诺环素大环内酯类抗生素治疗。
但是以上药物都需要在医生的指导下使用，以免损害身体。
小便流脓可以吃大环内酯类药物、四环素类药物等。
1、大环内酯类药物：常用的药物为红霉素肠溶片、罗红霉素分散片等，可以有效的缓解小便流脓的问题。
3、四环素类药物：该类药物有盐酸多西环素分散片、土霉素片等。可以起到很好的抑菌杀菌作用，有利于控制症状。