巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
巧克力囊肿有很多临床表现，其中痛经是主要症状，却是最容易忽略的先兆；性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。卵巢子宫内膜囊肿也是临床表现之一，囊壁较脆缺乏弹性，经血逐渐聚积，囊内压力不断增高，内容物可自囊壁的薄弱部位溃破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出现急腹症。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
在月经期间进行手术，会导致出血的增多，在手术的时候不可避免造成组织的创伤，使大量的凝血因子激活并消耗，在这期间进行手术术中的创面渗血较多，影响手术的操作，术后渗血较多，会引起气道的受压等继发性的问题。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，子宫内膜生长在子宫腔内，受女性激素影响，每月脱落一次，形成月经去专业正规的医院进行检查和治疗。家禽家畜，蛋乳，鱼鲜一般均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好。田螺，蛤蚌，蟹，鳖偏凉食，宜少食。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名巧克力囊肿，也是较为常见的卵巢囊肿，是由于子宫内膜异位症波及卵巢在卵巢内形成含有巧克力样粘稠液体的囊肿，明显的症状就是痛经，而且进行性加重的，不孕以及月经失调。可以去医院做手术治疗。