治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
中医巧克力囊肿应该坚持吃中药成药或草药治疗，即可消除囊肿，又可以调理月经，中医认为气血失调有很大的关系。一般通过调理气血来达到消瘤化疗的作用，让人体吸收或者是在外拍消除病变。中医治疗卵巢巧克力囊肿是遵循治病求本的原则，以疏肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒为治疗思路。
巧克力囊肿的病人一经诊断，应该尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用GnRH-a类药物治疗，对于预防短期内复发可能有帮助作用。还可以选用其他药物，对于预防巧克力囊肿术后短期复发也是有帮助作用的。
巧克力囊肿检查时常可触及一侧或两侧输卵管增粗或肿块。质实兼有囊性感，呈腊肠样或形状不规则，有轻触痛，活动常受限。排液后肿块缩小。液体积聚后又复增大。可去医院进行检查和治疗。平时少吃油腻，生冷，辛辣的食物。
这种病情一般的轻度的可以用药物治疗，可以用中西医结合治疗，中医治疗疏肝理气，活血化瘀治疗，严重的需要手术治疗。饮食要清淡，保持平衡，多吃新鲜的水果蔬菜。不要熬夜，劳累。进行适当的身体锻炼。