其病因很可能为病毒感染后综合症，其主要病机为病毒感染损害甲状腺滤泡而导致储存的该甲状腺激素被释放出来。
临床表现上，女性较男性占5:1，发病率为二十~六十岁，继发上呼吸道感染、甲状腺肿大并可伴有明显触痛，有时此痛向耳后根部位放射，甲状腺功能亢进1~2个月后可发生甲状腺减退，4~6个月甲状腺功能减退可为永久性。
但这一比例较低，约在10%以下，治疗可采用β受体阻滞剂减轻甲状腺功能亢进。非甾体类抗炎药可用于甲状腺疼痛的治疗，如疼痛较严重可应用糖皮质激素治疗，如甲状腺功能减退长期存在则应采取替代治疗。
亚急性甲状腺炎在急性期会出现头痛的症状。
部分患者会出现咽喉痛、畏寒、全身不适、乏力、多汗、食欲下降等症状，甚至合并甲状腺毒症时还会出现心慌、气短、双手发抖、易激动、易怒、大便次数增多等症状。不过这些症状一般都会在短时间内逐渐好转。亚甲炎是一种自限性疾病，半年左右就会痊愈。如果亚急性甲状腺炎伴有全身症状，可以选择强的松片来改善症状，可用强的松片，根据症状和血沉的水平逐渐减量至停药，需要6-8周左右，用药期间需要监测肝功能、血压、血糖水平。
通常情况下，亚急性甲状腺炎患者出现疼痛可以按照医嘱吃有止痛功效的药物，比如布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片、美洛昔康片等。
亚急性甲状腺炎患者还可能会出现怕热出汗、食欲亢进、体质消瘦、心率加快等症状，患者可以按照医嘱吃丙硫氧嘧啶片、甲硫氧嘧啶片、甲巯咪唑片等药物进行治疗。患者配合治疗的同时，还应注意休养，避免劳累，注意保暖，多喝热水，多食用清淡的高蛋白食物，比如鸡蛋、牛奶、鸡肉等，还可以适当的进行运动，比如做操、散步、打太极等，促进身体恢复的同时，还能提高免疫力。
如果是亚急性甲状腺炎，严重疼痛时可以使用非甾体类消炎药来止痛，亚急性甲状腺炎患者服用非甾体消炎药，并不一定能立即缓解疼痛。
部分患者服用非甾体类消炎药后，可能会出现颈部疼痛加重的情况。这时候可以适当使用激素类药物，使用激素类药物治疗后，患者的疼痛症状能够得到有效的控制，同时还可以控制发热，血沉增快的情况，但是需要逐渐减少用量，避免产生依赖性。
亚急性甲状腺炎病人头痛，亦为较普遍之现象。
一般发生头痛时，多是因为病毒或者其他因素造成的。由于亚急性甲状腺炎病人起病前往往合并病毒感染，而且许多病人患病后，上呼吸道感染未痊愈时，还可有发烧和无力的不舒服，还会有头痛的感觉。所以说这主要是因为上感病毒或者其他因素所引发的头痛。此时需要排查其它的引起头疼的原因，若全部检查出来，想想还因为上感之类引起头痛，这时可应用止疼药，并给予适当休息。
指导意见：亚急性甲状腺炎又称病毒性甲状腺炎或肉芽肿性甲状腺炎或巨细胞性甲状腺炎.本病近年有增多的趋向,可能由于我们的警惕性增高,对此病的认识提高,加强了临床询问和实验室检查的结果. 本病的病因不清楚,一般认为和病毒感染有关.因为发病前病人有上呼吸道感染或感冒史,从病人甲状腺组织中可检出腮腺炎病毒,从病人的血清中可检出多种病毒抗体,如柯萨奇病毒抗体,腮腺炎病毒抗体,流感病毒抗体和腺病毒抗体等.在临床上我们发现不少病人在发病前和发病中有口腔或咽喉部感染,经消炎抗菌治疗后可以缓解,所以也不能排除细菌感染的可能性.