自身免疫性肝硬化的治疗，首先是针对原发病进行对症治疗，临床上可以选用激素给予控制原发病，还需要应用一些保肝药物对症治疗。此外，在饮食方面，注意不要让病人吃一些辛辣刺激的食物，不要吃对肝脏有影响的食物或者药物。可以适量吃一些肉类等蛋白质含量高的食物。
可以服用中药药物，护肝的药物治疗一下，没有必要长期使用药物治疗，转氨酶偏高还要不吃辛辣刺激食物，不吃油腻，戒烟酒，休息好保持心情舒畅，养成良好的生活习惯，饮食习惯，平时要注意多喝热水。
被确定为自身免疫性的胆汁性肝硬化可以通过适当选择和应用一些免疫抑制剂来治疗。同时，应注意最新的适当应用。应给予一些保肝药物，以避免饮酒、暴饮暴食、清淡易消化的食物和低盐、低脂肪和低蛋白质饮食，多吃新鲜水果和蔬菜，忌吃辛辣和有刺激性的食物。
肝硬化可以引起全身疲乏无力，食欲不振，引起消瘦，食管胃底静脉曲张，血细胞减少，腹水，下肢浮肿。治疗主要是高蛋白高热量，还有维生素饮食。如果水肿厉害，可以用白蛋白和利尿药。戒酒是肯定的。饮食多吃适量优质蛋白，比如鸡鸭蛋，鱼肉，瘦肉。多吃新鲜蔬菜补充维生素B和维生素C。低糖低盐饮食。肝硬化不宜吃的食物有：酒和油炸、多油食品。
目前自身免疫性脑炎可以通过糖皮质激素、免疫球蛋白等药物来进行治疗，如果有癫痫发作、精神症状等并发症，需要对症支持治疗，同时还需要进行抗肿瘤治疗。
对于合并的疾病，比如癫痫的治疗可以采用抗癫痫药物治疗。
1.糖皮质激素：常规应用糖皮质激素冲击疗法，甲泼尼龙静点后改为口服，逐步减少剂量；如果是轻度的，可以选择服用口服激素，而不是冲击治疗，一般是6个月，期间要观察脑炎的活动情况，同时还要考虑到病情的变化和复发。
2.免疫球蛋白：作为自身免疫性脑炎的第一线免疫疗法，可以提高病人的抗感染、免疫调节功能，如果病情较重，可以配合激素，2~4周反复注射静脉免疫球蛋白，可以反复或多次注射。
3.血浆置换：可以和激素结合，但如果静脉注射了免疫球蛋白，则不能马上进行血浆交换，否则血浆交换很难影响鞘内自身抗体的合成，如果是脑脊液抗体为阳性，血清抗体为阴性，则需要进一步验证。
4.利妥昔单抗：在外周血CD细胞被清除之前，应视外周血CD阳性B细胞水平而定。国外有50%以上的抗N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎。在我国，此药是一种超范围使用的药物，患者要遵守患者的知情同意和药事流程，同时要考虑到患者的感染风险和副作用。
5.环磷酰胺：这是一种二线药物，主要用于对一线药物不敏感的患者，在症状消失后停止使用。
6.吗替麦考酚酯：主要是针对复发病人，对于一线免疫治疗无效的自身免疫性脑炎，对肿瘤阴性的严重的N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎的病人。
