胚胎停育的原因主要有四个方面。生殖内心泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，分别是雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就满足不了胚胎的需要，就会造成胚胎的停育；生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育等。
胎儿停育的检查分为男性和女性。男性需要检查染色体，精子质量，精子形态，支原体衣原体，淋球菌。女性需要检查染色体，基本激素，甲状腺功能，催乳素，触觉等。由于医疗发展有限，四分之一的仍无法找到原因。
胚胎停止发育可能跟男性精子质量差有关系，常见原因有染色体异常、免疫功能不全、内分泌功能紊乱、子宫内环境异常、遗传性血栓形成倾向、全身感染性疾病等女性危险因素、精子成熟障碍等男性危险因素、环境不良等因素。
胚胎停育应该及时的去医院做相关的检查，明确病因对症治疗。因为是有生殖内分泌原因，是黄体功能不全，多囊卵巢原因有关系的，也会有男性的精子质量。还有子宫和卵巢功能问题，子宫大小是否有异常，异常的细菌性感染或者衣原体问题。
胚胎停育的前兆主要有阴道出血、腹痛、妊娠反应逐渐停止、基础体温下降，如果处于孕中晚期，症状主要有胎动逐渐减少，没有胎动。孕期内分泌有问题也会直接影响到胚胎发育，因为受精卵着床发育成为胚胎，然后再发育成为胎儿，都需要黄体功能来维持，内分泌有问题，黄体酮分泌也会异常。
胚胎停止发育的原因有很多种，孕早期胚胎停止发育的原因主要有胚胎染色体异常、黄体功能不全、甲状腺功能减退、免疫系统异常等。孕中期胚胎停止发育的原因主要有:子宫解剖结构的异常、免疫系统异常以及血栓前状态等。
