小三阳病人首先应检测肝功能，化验血中HBV-DNA含量及前C基因变异情况，并通过必要的肝活检来正确分析这种小三阳是否需要采取治疗措施。如果肝功能正常，HBV-DNA阴性，不需要治疗，半年定期复查。如果肝功能异常，HBV-DNA阳性，则需要治疗。
如果乙肝小三阳，病毒学检测也就是HBVDNA阴性，肝功酶学正常，彩超等影像学无任何改变，年龄小于50岁，无家族的肝癌病史，可以不用治疗，半年到一年一次系统检查。如果小三阳，HBVDNA高于检测线，肝功能异常，彩超提示肝硬化，或者肝脏结界，年龄大于50岁，家族有肝癌病史，尽早进行抗病毒治疗。
乙肝病毒的治疗是基于病原体的状况，也就是说，要看病毒脱氧核糖核酸的量是否大量复制病毒，如果量正常，那么基本上效果不大，并且有可能通过肝功能试验。没有必要太担心。只有病毒可以得到控制，并且不能完全治疗。
乙肝小三阳的转阴，首先应该将病毒定量转为阴性，可以选择口服核苷酸类的药物，在短期内将病毒转阴，肝功能恢复到正常。干扰素的治疗除了起到抗病毒的作用，还可以起到很好的调节免疫方面的作用，可以使表面抗原转阴。
乙肝病毒携带者有大三阳小三阳，以及单纯表面抗原阳性等多种存在形式，需要结合肝功状况，病毒数量多少，确定是否用药治疗，需要化验肝功，病毒DNA定量，如果病毒数量多肝功异常，就需要使用保肝药物和抗乙肝病毒药物，反之不需要用药，定期复查就可以。
