肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害。
双肾囊肿严重。双肾囊肿在临床上属于一种遗传性的疾病，常见于双侧多囊肾的病人。一般病人双侧肾脏发生多发性的囊肿，由于囊肿多发，囊肿逐渐的增大会压迫肾实质，从而影响到肾脏的功能。所以，双肾囊肿属于一种比较严重的疾病。
肾囊肿的患者在饮食上，其实并没有什么特殊的食物可以帮助减少囊肿的生长，早期的单纯的肾囊肿患者是在饮食上没有特殊要求的；但是如果患者肾囊肿引起了肾功能衰竭，饮食上就要低盐低脂优质低蛋白饮食了，比如每天的盐分摄入量控制在3-6克，以素为主，瓜果蔬菜可以吃，但是不可以大油大荤，另外含钾高的食物也需要控制的。
肾囊肿对于人体的影响更多在于其占据了肾实质的位置，压迫肾实质影响肾功能的角度。如果肾囊肿在肾里，尤其在肾实质里，一般随着囊肿增大会压迫周围的肾实质，导致局部的肾实质缺血，最终影响肾脏的功能。有些特殊的囊肿对人体的影响更为巨大，比如囊性肾癌。
肾囊肿不一定影响寿命，多数的肾囊肿都是单纯的肾囊肿，一般在一侧，然后可以定期观察，一般最多导致一侧肾脏的部分肾功能消失，另一侧肾脏是正常，所以这种肾囊肿不会影响寿命。
