手术风险是在于对神经的损伤，骶管囊肿容易损伤马尾神经，马尾神经损伤之后，会导致二便功能障碍，鞍区感觉异常，性功能也会出现异常。所以，骶管囊肿手术风险是比较大的，而且绝大多数的骶管囊肿不会单纯只是一个圆形囊肿，多数都会将马尾神经包括在内，形成比较复杂的囊肿。再处理囊肿过程中，稍有不慎就会损伤到马尾神经，马尾神经分无数细丝，每一根都有其具体作用，一旦损伤这些肉眼都难以分辨的细丝，就导致很多并发症。
骶管囊肿如果没有什么特殊症状以观察为主。如果骶管囊肿出现明显的症状，比如下肢和会阴部的感觉疼痛、麻木、大小便失禁，则需要相应的治疗措施。口服营养神经类药物和止疼类的药物对症处理。如果仍然没有明显疗效，则需要通过手术方式进行治疗。
骶管囊肿手术风险有两个，一个是神经的损伤，一个是漏口的闭合不全，导致复发。手术就直接将水放掉了，囊壁它本身不分泌囊液，漏口修补不严密，囊肿会复发，第二就是神经的保护，因为很多骶管囊肿都会裹神经，这些神经与囊肿在一起，做手术时就要保护好这些神经，将这些神经有的回纳到椎管内，要将这个神经从囊肿上面分开来，有的和神经，囊肿它是一部分，将这些神经给保护起来，要保护好神经，又要神经根部的囊肿的开口给封起来。
骶管囊肿这个一般手术恢复需要时间在30天-45天左右，手术都是有一定风险的，可能损伤囊肿周围神经，这个大多术后恢复不错，注意术后护理，对于有症状者应在除外椎间盘突出、椎管狭窄或骶管内肿瘤的前提下，积极手术治疗，可以去当地医院检查治疗。
骶管囊肿手术是一种比较简单的手术，具体内容如下：
第一型是没有脊髓神经的囊肿，表现不典型，可以采取非常规的保守疗法；而第二型囊肿，其囊壁与神经纤维间有一定的联系，因而手术中存在一定的危险性，且有可能造成神经纤维受损，造成严重后果。由于现代显微镜技术的发展，可以将囊内的神经与纤维进行精细的解剖，并对其进行电学检查，从而使手术的危险性大为降低，从而使病人的生活品质得到改善。
骶管囊肿对于处理经验丰富的神经外科医生而言，是比较安全的常规手术，但如果处理不当，也是有一定手术风险的。例如，部分在术后症状缓解不满意，或缓解时间不长后囊肿又复发，甚至有症状加重，在术后出现双下肢无力、疼痛、麻木，大小便功能障碍和性功能障碍等。所幸在显微神经外科手术和术中电生理监测的治疗条件下，这些手术风险已经明显降低，手术还是相当安全的。
