肾囊肿的治疗需因人因病情而异，不可一概而论，因为肾囊肿发展慢，在无症状时不损害肾脏，对健康无危害，且患者发现时一般年龄较大，因此对于无症状的患者，即使囊肿较大也可不行治疗，如患者腰部疼痛、排尿异常系由于肾囊肿引起，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗，但容易复发。
肾囊肿手术就是把肾囊肿的顶去掉，相当于把锅的锅盖揭掉一样，尽量不让里面的囊液对肾脏的实质形成压迫，减少对肾脏的损害。肾囊肿一般有急性感染的全身表现，如高热、寒战等，一侧肾区剧痛，肌肉紧张，脊肋角有明显叩击痛。血白细胞增多，尿中有白细胞，细菌培养阳性。IVU示肾盂肾盏受压或充盈缺损。B超示肾区液性暗区以及可导致肾积脓的原发病变。
主要有两种方式，一种创伤比较小，用穿刺抽液的方式来进行，是用细针在B超临床引导的情况下，达到肾囊肿的部位，然后穿刺抽液，这种方式需要了解肾囊肿的部位，此外如果肾囊肿部位不佳，无法穿刺，则需要外科手术治疗，可以做一个肾脏彩超检查了解肾囊肿的部位，为手术的选择方式的选择提供更好的资料。
肾囊肿手术后可以吃鸡蛋的，如果囊肿合并有肾功能减退，尤其是后期出现尿毒症，鸡蛋的量要控制。每天吃鸡蛋不能大于一个，如果伴有高磷血症的病人，不要喝咖啡，浓茶有可能会刺激囊肿生长。
肾囊肿如果采用的是微创性的手术治疗，建议在半个月之后再去上班。如果恢复得不是很好或者采用的是开放性的手术治疗，上班时间需要推迟。肾囊肿是肾脏的一种良性病变，通常来说这种病变不需要特别处理，因为这种病变的恶变率非常低。
手术之后一定要做好相关的术后护理工作，保持心态，紧张焦虑的心态不利于身体机能的恢复，因此要保持乐观。要注意控制血压。注意生活细节，在生活中尽量少憋尿，经常清洁伤口，同时要避免术后立即进行房事。
