如果是还未到分娩期，出现了宫缩，使用药物进行解经，抑制宫缩等治疗，如果应用了这些药物宫缩还是不可避免，而且出现了规律宫缩，会发生流产或者是早产，可以住院治疗。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
注意休息，避免劳累、外伤、受凉，端正身体姿势，避免长时间一个姿势，定时改变姿势，避免久坐、弯腰，避免负重，腰围固定，休息的时候拿下来，适当的进行腰背肌功能锻炼，三点支撑法，五点支撑法，燕子飞等等。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
脱肛从中医来说属于中气不足，脏器下垂所致，治疗可以口服中药补气的药物。从西医来说属于提肛肌等固定直肠的一些肌肉功能下降。如果到了十分严重的地步，就需要进行手术治疗了。治疗期间不能蹲位排便，要立位、侧卧位或仰卧位排便，如能坚持1～2个月，有可能会治好。
