胃镜肠镜一般不会感染乙肝病毒，只要患者到正规医院进行胃镜、肠镜检查等，都有一定的安全保障。
由于在检查前医院要先让患者接受艾滋病，乙肝，丙肝，梅毒等传染病的检测，当结果为阴性时，再接受胃肠镜检查。如检验结果为乙型肝炎时，院方将采用特殊胃镜或肠镜，并和普通病人隔离开来，且在每一次检验后，都将彻底消毒，可有效地避免交叉感染。
共用水杯不会感染，感染需要大量的血液以及大量的体液接触。比如说输血，吸毒的人共用一个注射器可能会被传染乙肝，如果母亲有乙肝或者艾滋病，怀孕生小孩的时候有可能通过这个途径传染给小孩。不洁的性生活也有可能传染这两种疾病的。
肝功能检查以血清ALT，AST，总胆红素水平检测最为有用，有研究显示甲型肝炎病人的ALT平均峰值可达1952IU/L，AST可达1442IU/L，大部分显性感染者伴有血清总胆红素水平的升高。对于抽血做甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎检查是不需要空腹的，不过需要检查肝功能的时候一定要注意空腹。
去正规医院检查肠镜，是不会感染艾滋病的。正规医院在检查肠镜之前需要对检查者做身体检查，包括艾滋病的检查，但不排除有些艾滋病者感染可能处于窗口期，所以做完肠镜检查之后，会对肠镜进行彻底消毒，包括对于艾滋病病毒的一个针对性消灭，防止肠镜有窗口期感染的艾滋病病毒存在。
如果去正规医院检查肠镜，是不会感染艾滋病的。正规医院在检查肠镜之前需要对检查者做身体检查，包括艾滋病的检查，但不排除有些艾滋病感染可能处于窗口期，所以做完肠镜检查之后，会对肠镜进行彻底消毒，包括对于艾滋病病毒的一个针对性消灭，防止肠镜有窗口期感染的艾滋病病毒存在，所以在正规医院检查肠镜时是不会感染艾滋病的，但如果去一些非正规医院检查肠镜，消毒环节，以及检查环节，可能不够严谨，就有可能感染艾滋病。
乙肝一般指慢性乙型病毒性肝炎。通常来说，做胃镜不会感染慢性乙型病毒性肝炎。
慢性乙型病毒性肝炎是指慢性乙肝病毒检测为阳性，病程超过半年或发病日期不明确而临床有慢性肝炎表现者。临床表现为乏力、畏食、恶心、腹胀、肝区疼痛等症状，而这种疾病通常是通过血液传播、性传播、母婴传播等进行传播，而做胃镜不会感染慢性乙型病毒性肝炎。
