不好治。目前很多物理疗法和药物都不能清除病变周围皮肤中的潜伏病毒。在整个治疗过程中是漫长和痛苦的，并且对生殖器部位的局部组织损伤大，治疗费用也很高，还特别易复发。
尖锐湿疣常用的治疗方法有激光、冷冻、电凝、药物等，但复发率都比较高。目前好的治疗方法是光动力疗法，原理是光敏剂与病变组织结合，在光的作用下产生单线态氧，导致病变组织崩解死亡。建议治疗期间的情况下，一定要注意多锻炼身体的，建议早发现早点去处理治疗的，可以通过性生活交叉感染给性伴侣的。
纯中药很难治好尖锐湿疣，中药外用或中药口服可以做为辅助疗法。因为尖锐湿疣是属于赘生物，激光或冷冻具有快速消退皮疹的作用，而中药外用或口服没有那么快的消退赘生物效果，因此不做为尖锐湿疣的首选疗法。
孕期有尖锐湿疣主要是进行冷冻治疗。
疣病毒感染是导致尖锐湿疣的主要原因，由于身体的抵抗力和免疫力低下，孕期可能加重病情。尖锐湿疣患者若采取阴道分娩，新生儿也可能出现感染的情况，尖锐湿疣还可能导致宫腔感染，因此孕期患尖锐湿疣，要根据医生指导慎重选择是否还能继续妊娠。若疣体较大建议做好终止妊娠的心理准备。
肛内尖锐湿疣可以通过药物和物理手段来治疗。
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，初起为细小淡红色丘疹，随着病情发展会逐渐增大增多，呈单个或群集分布，湿润柔软表面凹凸不平，多呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。对于肛内尖锐湿疣的治疗，还是以局部去除疣体为主。患者可以在医生指导下使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物缓解症状。对于病程较久或疣体较大的患者，可以前往医院通常液氮冷冻术或激光手术以及外科手术切除等方式来治疗。