慢性肝炎治疗的总体目标是清除丙肝病毒、清除或减轻丙肝病毒相关的损伤组织、进展为肝硬化、失代偿性肝硬化、肝衰竭、肝癌等，提高患者的长期生存率和生活质量。目前抗病毒治疗效果特别好，主要有抗病毒治疗和对症治疗。目前治疗丙肝病毒的小分子药物，如吉三代、索非布韦等，都是百分之百有效的。治疗的时候要注意多休息，多吃高蛋白、低脂肪、高纤维素的食物。
如果肝功能和病毒检测值均属于正常，是不需要进行抗病毒或保肝治疗的，单纯的提供病毒携带信息，不足以判定是否需要治疗。建议：首先需要完善进一步检查，如果肝功能和病毒检测值属于异常情况，且病毒检测值很高，那才考虑进行抗病毒治疗，但不管使用任何药物治疗均应在医生的指导下进行。
肝炎治疗时机，如果时机不对可导致治疗无效。乙肝只要HBV-DNA检查时，乙肝病毒DNA是阳性，同时肝功能检查谷丙转氨酶的值处于正常值的2倍(人体内谷丙转氨酶的正常为0-40单位/升)以上，并在10倍以下时，就是抗乙肝病毒治疗的时机。
慢性乙型肝炎的治疗主要包括抗病毒、免疫调节、抗炎保肝、抗纤维化和对症治疗，其中抗病毒治疗是关键，只要有适应证，且条件允许，就应进行规范的抗病毒治疗。对于慢性乙型肝炎必须采取以抗病毒为主的综合治疗，才能最大限度地抑制病毒复制。
慢性肝炎抗病毒治疗的药物有：是口服的核苷类药物，现在认为的是长效的，这两类药物可以单药使用，也可以联合使用，但是这两类药物都很难达到治疗病毒的效果，都需要长期用药。
目前确诊有效的主要是干扰素，干扰素是公认的对乙型肝炎病毒复制有一定作用的药物，作用机制主要是阻断病毒的繁殖以及复制，主要是通过抗病毒蛋白，导致RNA裂解阻止乙型肝炎病毒的复制，以及诱导受感染的肝细胞抗原表达，这样能够对有些感染细胞能够起到识别和杀伤作用。
