首先，替代治疗是服用哌甲酯，即左甲状腺激素片。
对于甲状腺功能低下症状快的孩子，有必要确定甲状腺功能低下的原因。例如，部分是甲状腺自身发育异常引起的，其余是甲状腺功能发育不全引起的，如果自身没有甲状腺，需要终身进行甲状腺激素替代治疗。另外，甲状腺异常症的儿童，症状出现比较晚，需要进行核素扫描。具体用药请结合临床，以医生指导为准。
先天性甲状腺功能减退症应给予左甲状腺激素替代治疗，一般从小剂量开始，逐渐给予至完全可替代剂量。先天性甲状腺功能低下的终生必须服用左甲状腺激素钠，使左甲状腺激素水平与正常人相同。
先天性甲状腺功能减退的主要原因是家族遗传因素，甲状腺功能减退症的母亲在孕期不明显控制，或者是需要甲减的患者，即甲减孕妇在孕期不积极治疗，可能引起先天性甲状腺功能减退症。但目前可以对这部分患者进行早期诊断、早期治疗。
先天性甲状腺减退的治疗如下：
1、为了检查病情、详细病史和体格检查，需复查血清促甲状腺激素和血清游离T4和T4，进行甲状腺超声检查和甲状腺扫描。
2、药物治疗，一经发现应及时、尽快使用左甲状腺激素治疗。另外，建议在医生的指导下，按照医嘱，根据要求，空腹服用。
3、监测病情，复查游离甲状腺激素T4、总T4和促甲状腺激素。初次治疗2-4周后6个月龄内婴儿每1-2个月复查一次，6-3岁婴幼儿每3-4个月复查一次。从3岁到生长发育停止，每半年至1年复查一次。
小儿先天性甲状腺功能低下，这个应该及早采血做化验t3，t4和tsh。一旦确诊有甲低，应该早诊断，早治疗。新生儿疾病筛查诊断的先天性甲低治疗剂量应该一次足量。目前临床上治疗先天性甲低的办法还是有的。所以要马上接受治疗，不然可能会影响到孩子的以后发展。
先天性甲状腺功能低下症大多数是由于孕妇缺碘而导致的新生儿疾病，同时也是造成小儿智力严重受损的主要原因之一。对先天性甲低的治疗原则是早发现早治疗，如果发现了小儿的多睡少动、体温低、食量较少、以及黏液性水肿等特殊面容的出现，要在第一时间进行甲状腺功能的检查，采用甲状腺激素代替补充法，预后是非常好的。
先天性甲状腺减退的治疗可分为以下三个步骤：
第一步，为了检查病情、详细病史和体格检查，医生可能请儿科内分泌专家会诊，复查血清促甲状腺激素和血清游离T4和T4，进行甲状腺超声检查和甲状腺扫描。
第二步，药物治疗，一经发现应及时、尽快使用左甲状腺激素治疗。另外，建议在医生的指导下，按照医嘱，根据要求，空腹服用。
第三步，监测病情，复查游离甲状腺激素T4、总T4和促甲状腺激素。初次治疗2-4周后6个月龄内婴儿每1-2个月复查一次，6-3岁婴幼儿每3-4个月复查一次。从3岁到生长发育停止，每半年至1年复查一次。