首先，替代治疗是服用哌甲酯，即左甲状腺激素片。
对于甲状腺功能低下症状快的孩子，有必要确定甲状腺功能低下的原因。例如，部分是甲状腺自身发育异常引起的，其余是甲状腺功能发育不全引起的，如果自身没有甲状腺，需要终身进行甲状腺激素替代治疗。另外，甲状腺异常症的儿童，症状出现比较晚，需要进行核素扫描。具体用药请结合临床，以医生指导为准。
如果出现先天性阳痿的情况，那么最常见的就是进行手术来改善。
但是如果选择药物治疗，可能会耽误病情，建议到专业的医院进行全面的检查，并进行相应的手术。如果出现先天性阳痿，可以通过阴茎植入手术来改善阴茎勃起功能障碍，但是这种手术会带来一些不良反应，在进行手术前要做好心理准备。同时建议在日常生活中，保持一个良好的作息，避免熬夜。
先天性甲状腺功能减退症应给予左甲状腺激素替代治疗，一般从小剂量开始，逐渐给予至完全可替代剂量。先天性甲状腺功能低下的终生必须服用左甲状腺激素钠，使左甲状腺激素水平与正常人相同。
先天性甲状腺功能减退的主要原因是家族遗传因素，甲状腺功能减退症的母亲在孕期不明显控制，或者是需要甲减的患者，即甲减孕妇在孕期不积极治疗，可能引起先天性甲状腺功能减退症。但目前可以对这部分患者进行早期诊断、早期治疗。
小儿先天性甲状腺功能低下，这个应该及早采血做化验t3，t4和tsh。一旦确诊有甲低，应该早诊断，早治疗。新生儿疾病筛查诊断的先天性甲低治疗剂量应该一次足量。目前临床上治疗先天性甲低的办法还是有的。所以要马上接受治疗，不然可能会影响到孩子的以后发展。
一般的诊断是明确的，在没有急性炎症的下，应尽早进行手术，因为囊肿容易继发感染，药物治疗不能从根本上治好。相反，由于多发感染后囊壁周围炎症引起广泛胸膜粘连，手术并发症并非绝对禁忌症。尤其是缺氧性紫绀呼吸窘迫时，应及早手术，甚至紧急手术。根据病变和感染的大小，诊断和手术可以挽救生命。从胸膜下感染分离出的囊肿可单独行膀胱切除术治疗，局限于肺缘的囊肿可单独行膀胱切除术治疗。
先天性甲状腺功能低下症大多数是由于孕妇缺碘而导致的新生儿疾病，同时也是造成小儿智力严重受损的主要原因之一。对先天性甲低的治疗原则是早发现早治疗，如果发现了小儿的多睡少动、体温低、食量较少、以及黏液性水肿等特殊面容的出现，要在第一时间进行甲状腺功能的检查，采用甲状腺激素代替补充法，预后是非常好的。
