一般来说，先天性甲状腺功能低下症的原因有孕妇孕期饮食缺碘、宝宝甲状腺发育不全、母亲服用了抗甲状腺的药物、母亲本身有自身免疫性疾病。具体分析如下：
1、先天性甲状腺功能低下症的原因有孕妇孕期饮食缺碘，进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
2、先天性甲状腺功能低下症的原因有宝宝甲状腺发育不全，进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
3、先天性甲状腺功能低下症的原因有母亲服用了抗甲状腺的药物；进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
4、先天性甲状腺功能低下症的原因有母亲本身有自身免疫性疾病，影响了宝宝的甲状腺功能。进而可能会导致胎儿在胚胎期就因为碘缺乏。
先天性甲状腺功能低下是儿童期常见的智力障碍性疾病之一。
先天性甲状腺功能低下又称先天性甲减，又称呆小症，一般早期无明显症状，症状出现后可能已为时过晚。一旦出现症状将严重影响儿童智力发育，导致身材矮小、智力低下。若能在2个月内发现，及时治疗，可长期保持甲状腺功能正常，智力基本恢复正常。如果10个月后被发现并治疗，智商只有正常的80%左右。超过2岁后被发现的话，智力发育会下降。
先天性甲状腺功能减退症是由患儿先天性甲状腺缺陷或母亲孕期饮食中碘缺乏引起的。
主要表现为体格和智力障碍，孕期胎动可过少。出生体重较重，身高头围正常，但前后轮门大，胎粪排出迟缓，出生后腹胀、便秘、睡眠不足、运动不足，黄疸消退延迟、少食、喂养困难，四肢寒战体温低于35。患者之所以能出现脐疝、呼吸困难，主要是因为舌大而厚，呼吸道黏膜有粘液水肿，气道不通畅，鼻梁低而平，眼距宽，舌大，颜面水肿等特殊面部。治疗主要采用甲状腺激素替代治疗，由于先天性甲状腺功能减退，治疗越早预后越好，有望早期诊断。
先天性甲状腺功能减低症是由于患儿甲状腺先天性缺陷或因母怀孕期间饮食中缺碘所致，前者称散发性甲状腺功能减低症，其主要临床表现为体格和智能发育障碍，宝宝常见的内分泌疾病。采用甲状腺素替代疗法，正规治疗2-3年停药1个月，如为暂时性甲减则停药定期随访，如为永久性甲状腺功能减低症予终身治疗。
治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
先天性甲状腺功能低下症大多数是由于孕妇缺碘而导致的新生儿疾病，同时也是造成小儿智力严重受损的主要原因之一。对先天性甲低的治疗原则是早发现早治疗，如果发现了小儿的多睡少动、体温低、食量较少、以及黏液性水肿等特殊面容的出现，要在第一时间进行甲状腺功能的检查，采用甲状腺激素代替补充法，预后是非常好的。
