先天性甲状腺减退的治疗如下：
1、为了检查病情、详细病史和体格检查，需复查血清促甲状腺激素和血清游离T4和T4，进行甲状腺超声检查和甲状腺扫描。
2、药物治疗，一经发现应及时、尽快使用左甲状腺激素治疗。另外，建议在医生的指导下，按照医嘱，根据要求，空腹服用。
3、监测病情，复查游离甲状腺激素T4、总T4和促甲状腺激素。初次治疗2-4周后6个月龄内婴儿每1-2个月复查一次，6-3岁婴幼儿每3-4个月复查一次。从3岁到生长发育停止，每半年至1年复查一次。
室间隔缺损是常见的先天性心脏病，可以引起心脏内血液左向右分流，加重心脏负担，时间长了会引起心脏功能衰竭，一般在3岁左右，可以通过介入治疗的方法，将缺损封堵就可以治疗。
甲状腺缺失可导致甲状腺功能下降，甲状腺功能下降可导致乏力、寒战、倦怠、行动迟缓、嗜睡、健忘等多种低代谢综合征。
随着疾病的发展，会出现粘液性水肿的脸部，也会出现各种脏器的变化。也影响呼吸系统、血液系统、泌尿系统、神经系统、循环系统、消化系统、生殖系统、骨骼系统、低血糖、高脂血症等物质代谢异常。也会发生甲状腺功能低下危象这一严重的并发症。患者甲状腺缺损需替代治疗补充甲状腺激素，临床首选药物为甲状腺片和左甲状腺激素钠，左甲状腺激素钠最为常用。
先天性甲状腺功能低下症状通常是进食少、喂养困难、便秘等。
先天性甲状腺功能低是由先天性因素造成的甲状腺功能异常，大概超过95%的婴儿在出生时并没有明显的征兆。但是，部分婴儿发病后会有动作比较迟钝、容易打瞌睡的表现，需要叫醒以喂养婴儿，婴儿还可能会发出沙哑的叫声。此外，婴儿多有食欲不佳、吃得少、喂食困难、便秘、体温较低等表现，可能出现体长偏短、皮肤干燥、舌头大、脐疝、囟门大、面部浮肿等症状。
先天性甲状腺功能低下又称先天性甲减或CH，是一种儿童时期的常见智残性疾病。前期往往不明显，如一旦发病，这是一种不可逆转的伤害，也叫呆小症，这种病一旦被人发现较晚，对于孩子的智力发育有极大的作用。在诊断甲状腺结节之前，应该先明确疾病性质和范围，再根据不同情况选择相应的方式进行处理。先天性甲减可使儿童身材矮小、智力低，医学普遍认为，如两个月后发现、早期治疗、终生用药，智力基本没有受到损害。若在10个月份被发现，此时处理，智商仅能达到80%的正常值。有很多人都有过类似的经历，就是孩子出生后，父母并无任何异常感觉或反应，但是随着年龄增长，这种现象逐渐加重，直到最后完全丧失生活自理能力为止。若是在两岁时被发现智力落后，它是一种不可逆转的破坏，此时处理亦无显著疗效。
首先，替代治疗是服用哌甲酯，即左甲状腺激素片。
对于甲状腺功能低下症状快的孩子，有必要确定甲状腺功能低下的原因。例如，部分是甲状腺自身发育异常引起的，其余是甲状腺功能发育不全引起的，如果自身没有甲状腺，需要终身进行甲状腺激素替代治疗。另外，甲状腺异常症的儿童，症状出现比较晚，需要进行核素扫描。具体用药请结合临床，以医生指导为准。
