脑干是大脑最重要的生命中枢，一旦脑干部位出现了病变的情况下，一般治疗效果都不会很理想，脑干梗死的情况下主要是应用活血化瘀的药物，抗凝的药物，抗血小板聚集的药物来对症治疗。
通常情况下，脑干梗死可以通过手术治疗、理疗、使用药物等方式进行治疗。
脑干梗死病人会有眩晕、身体失衡、吞咽困难、喝水呛咳嗽等症状。若有吞咽障碍、饮水呛到，短时间内无法康复，则需将胃管切开，并保持胃管内营养，给予鼻内喂食，待病情平稳后，再进行平衡训练和针灸。病情较重的时候会表现为肢体瘫痪、肢体瘫痪等症状，大部分病人还会伴有颅内压力升高和脑积水，可以采用醒脑静、醒脑、甘露醇、甘油果等药物进行醒脑。
由于脑干梗死的严重程度不同，恢复情况也是不一样的，具体无法预测。应该到正规的公立医院进行检查，配合医生做好抢救和治疗工作，要加强护理，保持呼吸道的通畅。因为脑干梗死的部位有的是非常靠近生命中枢也就是呼吸心跳中枢的。那样，在3到5天之内就有可能突然之间危及生命，一般脑干梗死在一周之内的死亡率是非常高。
可考虑静脉溶栓、动脉取栓，桥接治疗，开通后循环血管的治疗，脑干梗塞叫做脑干梗死，属于脑梗死的范畴。脑干梗死相对于大脑其他部位的梗死，病情更凶险，出现呼吸、心跳骤停的风险较高。脑干梗死的主要表现有一侧肢体无力、肢体感觉异常、口眼歪斜、饮水呛咳等。
任何脑梗死手术后，都可能复发的可能性不取决于梗死部位复发率与患者的危险因素有关危险因素越明显，复发率越高一般危险因素年龄越大，复发的可能性越大还有疾病、肥胖、糖尿病、动脉硬化、吸烟、酗酒等。
一般情况下，基底动脉闭塞脑干梗死，通常是大范围的脑干梗死。这种情况比较严重，可能会有肢体瘫痪、精神障碍等情况，会导致呼吸、血压、心跳、血氧饱和度降低。需要进行心脏监测，如果病人有不稳定的情况，可以使用呼吸机。在出现严重的精神症状时，可以给予醒脑宁、安宫牛黄丸、复方麝香等药物。
在病情平稳后尽快进行康复训练，主要有吞咽、四肢功能、针刺等。平时多注意低脂低盐清淡饮食，促进血液循环、末梢神经功能恢复。