怀孕打黄体酮的副作用是可能引起肝功能异常，可能发生女胎男性化、生殖道畸形等。黄体酮的作用是补充孕激素，使子宫内膜蜕膜化，维持妊娠，主要用于治疗黄体功能不足引起的先兆流产、习惯性流产，以及人工授精或试管婴儿移植后的辅助治疗。
副作用有突破性出血，阴道点状出血，体重增加或减少，乳房肿胀，恶心，头晕，头痛，倦怠感，发热，失眠，过敏伴或不伴瘙痒的皮疹，黑斑病，黄褐斑，阻塞性黄疸，肝功能异常等。发胖是比较少见的副作用，短期服用黄体酮是不会发胖的。
怀孕打黄体酮针对胎儿没有发现副作用，对母体的副作用是肌肉注射针剂，时间长了会减慢吸收，注射局部可能会出现疼痛、有硬结的情况，在疼痛部位上热敷可以促进吸收，减少疼痛。
长期打这款药物是不可以的，这款药是由卵巢黄体分泌的一种天然孕激素，在体内对雌激素激发过的子宫内膜有显著形态等影响，为维持妊娠所必需.临床常用于先兆性流产，习惯性流产，子宫内膜移位症，功能性子宫出血，痛经，卵巢功能低下所致的闭经或闭经原因的反应性疹断等。
黄体酮一般打一针会有一定的效果，但是不能维持正常水平，需要定期监测体内孕酮水平，再决定用药的时间。而且正常经期是3~7天，这个范围出血都属于正常的，如果出现超过一周不干净，考虑是内分泌失调或者内膜病变引起的，黄体酮属于孕激素的药物，使用以后有可能出血停止，但是需要按照周期使用，停药后容易出现撤退性出血。可以去医院检查B超，了解子宫内膜的情况，看是否正常，如果内膜厚需要诊刮处理或是药物调理。
该药的副作用包括以下几方面，首先长期注射黄体酮可能会引起胎儿畸形，例如造成女性胎儿男性化或者增加脊柱裂的风险，其次打黄体酮可能会造成水钠潴留，引起孕妇体重增加，组织水肿。然后打黄体酮可能会引起患者头晕以及恶心呕吐，主要是由于黄体酮有舒张颅脑血管以及刺激胃肠道的作用。
