如果很大，进行手术的一个抽液处理治疗的。但是如果不是很大，可以进一步观察，然后定期复查肾功能，尿常规泌尿系超声这些。其没有什么特殊的。肾囊肿如果很大或者是破裂，也会引起腰部疼痛不舒服的。
有可能会出现腰、腹不适或疼痛，肾脏因多囊含水量大，变得沉重，下坠牵拉，也会引起腰部疼痛。症状有疼痛，为隐痛，钝痛，固定于一侧或两侧，向下部及腰背部放射，血尿，可表现为镜下血尿或肉眼血尿。腹部肿块，有时为病人就诊的主要原因，60%—80%可触及肿大的肾脏。肾脏愈大，肾功能愈差。
肾囊肿是可以治疗的，肾囊肿都是后天形成的，它来源于肾小管憩室，随着年龄的增大会逐渐出现憩室的增多，从而形成肾囊肿。对于它的治疗主要是根据囊肿的大小以及合并的并发症来决定的。大部分的肾囊肿都不会超过两个厘米，对肾脏，对身体都没有什么影响。多是在体检的时候发现的，不需要特殊的用药治疗，每年定期复查就可以了。如果囊肿增大到5-10厘米，那么出现感染破裂出血的风险会增大，需要外科微创手术治疗的。
胎儿肾囊肿会发生囊内出血或感染，肾囊肿会引起腰腹疼痛不适等症状。有的肾囊肿还会压迫输尿管或肾盏，引起感染和积水，导致腰痛、尿路感染、发烧、寒颤等症状。这会影响肾脏功能，严重的还会导致尿毒症的发生。
会导致钠潴留出现、可能出现蛋白尿并且量是很大的，长久下去就会导致体内蛋白质的减少，形成低蛋白血症、少尿的几率也是很大的。如果是囊肿持续增大，而不及时进行手术治疗的话，可能会有钠潴留发生浮肿，进而会影响肾功能，最终可能会导致肾衰竭等危害。
肾囊肿压迫到肾盂输尿管容易造成肾积水，影响到肾功能。如果是囊肿破裂，会引起疼痛和感染等症状。肾囊肿临床上十分的常见，属于肾脏的良性病变，主要是由于肾脏的集合管堵塞造成的，肾囊肿长期没有任何的临床症状，随着囊肿的不断增大，就会表现出一系列的临床症状。如果囊肿较大压迫到肾包膜会引起肾脏酸胀，疼痛等症状。
