单纯的血清碱性磷酸酶低于正常范围时，不结合其他检查结果不具有代表性，需要结合其他检查结果，共同进行诊断。另外，在重症慢性肾炎，甲状腺功能不全，严重贫血，营养不良，维生素缺乏，坏血病，呆小症等疾病中会出现碱性磷酸酶降低的现象。
碱性磷酸酶偏低的危害有常见于重症型慢性肾炎，甲状腺功能不全者。营养不良、呆小症。维生素C缺乏症坏血病、乳糜泻、恶病质、贫血。遗传性低磷酸酶血症。碱性磷酸酶是广泛分布于人体各脏器器官中，其中以肝脏里存在的多，其次为肾脏，骨骼、肠和胎盘等组织。
肝功能碱性磷酸酶偏低提示有肝胆疾病。
肝功能碱性磷酸酶高值提示胆管梗阻，低值在儿童和孕妇中最常见。高值提示活动性骨沉积的可能性较大，临床上碱性磷酸酶偏低提示胆道系统疾病，慢性肾炎贫血、甲状腺功能不全、碱性磷酸酶偏低在肝病患者中比较少见，碱性磷酸酶偏低在肝病患者中比较少见。建议患者需要引起一定的重视，及时就医做进一步的检查明确诊断，防止病情加重危害到身体健康。
肝功能碱性相关药物酶偏低也可以见于慢性肾炎贫血、甲状腺功能不全等，碱性相关药物酶偏低在肝病病人种也是比较少见的，因此也需要引起一定的重视。做进一步的检查明确诊断。
儿童碱性磷酸酶偏高的原因的因素有很多，可以分为生理原因和病理原因。生理原因：正处于生长发育期的儿童，骨组织中的碱性磷酸酶很活跃，含量较多，会出现碱性磷酸酶偏高的情况。病理原因：骨骼疾病、严重性贫血、胆汁淤积性肝炎、梗阻性黄疸、原发性肝癌等都会造成碱性磷酸酶偏高的现象。
骨碱性磷酸酶是由骨质当中分泌出来的，是成骨细胞表型标志物之一。当骨质内钙盐沉积不足的时候，碱性磷酸酶分泌就会增多。反之，当骨中钙盐充足时，骨碱性磷酸酶分泌就会减少，所以常常用于帮助检测钙的吸收情况。
