注射乙肝疫苗后，人体免疫系统会对疫苗中的蛋白质抗原产生反应，一般在注射疫苗后大约一个月左右就会产生抗体，刚开始抗体水平很低，到了第二针，抗体水平就会迅速上升，很快就能抵抗乙肝病毒感染。接种乙肝疫苗后，从理论分析半个月后会逐渐产生抗体。不过早期抗体的浓度比较低，接种三针结束后，90%以上的患者都会出现保护性抗体。
打了乙肝疫苗没抗体可能是抗体的效用很小、体液免疫功能减弱等原因导致的。
一种是产生了抗体，但是抗体的效用很小，所以没有被发现，第二种就是，他的乙肝疫苗的免疫原性很弱，不足以激发人体的免疫细胞，生成抗体，而第三种，则是他确实是一个人，他的体液免疫功能会减弱，所以打不出抗体。如果打完乙肝疫苗，不能产生抗体，可以再打一针，可以适当的加大剂量，也可以使用免疫原性更强的乙肝疫苗。
接种乙肝疫苗是为了预防感染乙型肝炎病毒，目前接种乙肝疫苗方案就是第一次打了第一针，之后一个月的时候打第二针，第六个月的时候打第三针，前面两针主要是产生抗体，第三针主要是加强抗体的，在打完第三针之后过两个月也就是第八个月的时候可以做乙肝两对半检查化验看有没有抗体。
接种疫苗注射3针后1个月97%的人都可测到表面抗体；乙肝疫苗接种后产生的抗体水平随时间逐渐下降。第2年仍保持在这一水平；第3年降到74%左右，抗体滴度也下降。是否需要再次接种疫苗，主要是要在测定乙肝表面抗体的滴度后，决定何时再打乙肝疫苗。
注射乙肝疫苗后通常会产生抗体。
一般来说，注射乙肝疫苗后，大多数人都会产生乙肝抗体，但还是有少部分人会产生抗体，这可能与身体对乙肝疫苗的反应弱有关，或者本身就感染了乙肝病毒。乙肝病毒携带者表面抗原呈阴性。乙肝病毒携带者打疫苗时不会产生抗体，所以要定期检测乙肝病毒DNA。如果病毒呈阴性，可以考虑打加强针加强乙肝疫苗的刺激，看是否会产生表面抗体。
乙肝疫苗打一针产生抗体定量大于100至少可以持续5年-7年，抗体的水平越高，持续的时间越长，就算抗体水平下降，也能起到很好的保护作用的，因为乙肝的免疫是有记忆的功能的。
